Antigenshift, genetische Veränderung, die in einem infektiösen Erreger auftritt und eine dramatische Veränderung eines Proteins verursacht, das Antigen genannt wird und die Produktion von Antikörpern durch das Immunsystem von Menschen und anderen Tieren stimuliert. Die Antigenverschiebung wurde am ausführlichsten bei Influenza-Viren vom Typ A untersucht, bei denen diese Veränderung etwa alle 10 Jahre auftritt. Die neu entstandenen Viren haben das Potenzial, Epidemien oder Pandemien zu verursachen, da nur sehr wenige Menschen, wenn überhaupt, eine Immunität gegen die neuen Antigene besitzen.
Der Antigenshift tritt auf, weil Influenza-A-Viren ein großes tierisches Reservoir haben, das hauptsächlich aus wilden Wasservögeln (z. B. Enten) besteht. Er tritt auch auf, weil das RNA-Genom der Influenza-A-Viren in Form von acht Segmenten vorliegt, die während der viralen Replikation für eine Art genetischen Austausch, das so genannte genetische Reassortment, anfällig sind. Reassortment kann zu einer Antigenverschiebung führen, wenn ein Zwischenwirt, z. B. ein Schwein, gleichzeitig mit einem menschlichen und einem aviären Influenza-A-Virus infiziert wird. Die neue Version des Virus, die dabei entsteht, stellt einen neuen Influenza-A-Subtyp dar und unterscheidet sich somit immunologisch von den Influenza-A-Viren, die bisher in der menschlichen Bevölkerung zirkulierten. Influenza A-Subtypen werden durch die beiden wichtigsten antigenen Glykoproteine, Hämagglutinin (H) und Neuraminidase (N), unterschieden, die sich auf ihrer Virushülle befinden. (H1N1, H3N2 und H5N1 sind Beispiele für Influenza-A-Subtypen)
Eine Antigenverschiebung kann auch auftreten, wenn ein Influenza-A-Virus direkt von Wasservögeln auf den Menschen überspringt oder wenn ein Virus von Wasservögeln über einen Zwischenwirt auf den Menschen übergeht, ohne ein Reassortment zu durchlaufen.