Alfred Molina wurde 1953 in London, England geboren. Seine Mutter, Giovanna (Bonelli), war eine italienischstämmige Köchin und Putzfrau und sein Vater, Esteban Molina, war ein spanischstämmiger Kellner und Chauffeur. Er studierte an der Guildhall School of Music and Drama in London. Seine Bühnenarbeit umfasst zwei große Produktionen des Royal National Theatre, Tennessee Williams‘ „The Night of the Iguana“ (als Shannon) und David Mamets „Speed the Plow“ (als Fox), sowie eine großartige Leistung in Yasmina Rezas „Art“ (sein Broadway-Debüt), für die er 1998 eine Tony Award-Nominierung erhielt. Er gab sein Filmdebüt in „Indiana Jones and the Raiders of the Lost Ark“ (1981) und bekam eine gute Rolle in „Letter to Brezhnev“ (1985) (als sowjetischer Seemann, der eine Nacht in Liverpool verbringt), aber sein Filmdurchbruch kam zwei Jahre später, als er – superb – Kenneth Halliwell, den tragischen Liebhaber des Dramatikers Joe Orton, in Stephen Frears‘ „Prick Up Your Ears“ (1987) spielte. Er war auch hervorragend in Enchanted April (1991), The Perez Family (1995) (als kubanischer Einwanderer), Anna Karenina (1997) (als Levin) und Chocolat (2000) (als engstirniger Bürgermeister einer französischen Kleinstadt in den 1950er Jahren, der versucht, einen Schokoladenladen zu schließen).