Es ist wenig darüber bekannt, wie Jones County zu seinem Spitznamen „Der Freistaat Jones“ kam, aber es gab viele Gerüchte und Theorien. Eine davon, die sich auf eine Veröffentlichung im Magazine of American History stützt, ist ein Artikel von G. Norton Galloway, Historiker des Sixth Army Corps, mit dem Titel „A Confederacy within a Confederacy“ (Eine Konföderation innerhalb einer Konföderation). Das einzige Problem an seiner Geschichte ist, dass keine Autoritäten zitiert werden und Mr. Galloway keine Informationen hinterlassen hat, um ihn zu kontaktieren. Er behauptet in seinem Artikel, dass in der zweiten Hälfte des Jahres 1862 eine Versammlung in Ellisville, Jones County, Mississippi, zusammenkam und eine Verordnung über die Abspaltung vom Staat Mississippi und von den Konföderierten Staaten von Amerika verabschiedete. Er gibt sogar den genauen Wortlaut des Erlasses an: „In der Erwägung, dass der Staat Mississippi es für richtig befunden hat, aus Gründen, die gerechtfertigt erscheinen, aus der Bundesunion auszutreten, und in der Erwägung, dass wir, die Bürger von Jones, das gleiche Recht beanspruchen, da wir denken, dass unsere Beschwerden aufgrund eines ungerechten Gesetzes, das vom Kongress der Konföderierten Staaten von Amerika erlassen wurde, ausreichend sind und uns zwingen, in weit entfernte Teile zu gehen, usw., usw., daher wird beschlossen. Dass wir die bisher bestehende Union zwischen Jones County und dem Staat Mississippi auflösen und unsere Unabhängigkeit von dem besagten Staat und den Konföderierten Staaten von Amerika verkünden – und wir rufen den allmächtigen Gott an, dass er diesen Akt bezeugt und segnet.“
Teilweise aufgrund der geringen Bevölkerungszahl von Jones County schien die Mehrheit gegen die Sezession des Staates zu sein, und Jones County wählte den mutmaßlichen Anti-Sezessionisten J.D. Powell, um Jones auf der Sezessionskonvention zu vertreten. Als die Zeit zur Abstimmung kam, stimmte Powell für die Sezession. Powell wurde in effigy gehängt und so sehr beschimpft, dass er es für einige Zeit nicht wagte, in das County zurückzukehren.
Jones County schickte Truppen in die Konföderation. Drei volle Kompanien und ein großer Teil von vier weiteren wurden an ihren Grenzen aufgestellt. Einige desertierten und kehrten nach Jones County zurück mit der Begründung, dass sie nicht für die reichen Männer kämpfen wollten, während sie sich zu Hause amüsierten. In der zweiten Hälfte des Jahres 1862 wurde die berühmte „Newt Knight Company“ gegründet, mit Newt Knight als Captain, Jasper Collins als First Lieutenant und W. W. Sumrall als Second Lieutenant. Einige der aus der konföderierten Armee desertierten, schlossen sich dieser Kompanie an, die bei ihrer Gründung etwa 60 Mann zählte, später aber auf etwa 100 bis 25 Mann aufgestockt wurde. Die Mitglieder kamen aus verschiedenen Teilen des Landes. Mr. Galloway behauptet, Newt Knight sei der Präsident der Sezession von Jones County vom Staat Mississippi gewesen. Die Kompanie unternahm Raubzüge gegen konföderierte Truppen, und es wird gemunkelt, dass die Kompanie der Unionsarmee Loyalität schwor. Sie hatten ein geheimes Hauptquartier am Leaf River und kämpften viele Schlachten in Laurel und Ellisville.
Es gibt noch andere Theorien über den Spitznamen. Es stimmt, dass das Jones County um die Zeit des Bürgerkriegs herum eine Zeit lang ohne Verwaltung war, weil die Bevölkerung klein war und die Verwalter nicht ausreichend bezahlt wurden. Es wird vermutet, dass ein Mitglied des Countys (unklar wer) zu Pferd nach Jackson ritt und den Amtseid ablegte und zurückkam und das County vom Staat abspaltete. Eine andere Version des Ursprungs des Titels besagt, dass er dem County von den Bürgern der benachbarten Countys gegeben wurde, die in der Nähe der Golfküste und entlang der Linie der heutigen Mobile and Ohio Railroad lebten, wegen der völligen Freiheit der Bürger von Jones County von den willkürlichen Regeln der Gesellschaft und den Zwängen der anderswo anerkannten Mode. Sie gingen barfuß in die Kirche, kleideten sich, wie sie es für richtig hielten, und trugen ihre Gewehre für den Fall, dass irgendein Wild ihren Weg kreuzen sollte.
Die Legende von Newt Knight hat die meisten Gerüchte um den „Free State of Jones“ hervorgebracht, aber abgesehen von den Gerüchten tragen die Polizeiautos in Ellisville auch heute noch diesen Spitznamen.