Der Sokoto-Dschihad und die Yoruba-Kriege belebten den Sklavenhandel zu einer Zeit, als die Briten aktiv versuchten, ihn zu stoppen. Hatte man früher Sklaven gegen europäische Waren, insbesondere Gewehre und Schießpulver, getauscht, so förderten die Briten nun den Handel mit Palmöl in den Nigerdelta-Staaten, angeblich um den Sklavenhandel zu ersetzen. Später entdeckten sie, dass die Nachfrage nach Palmöl in Wirklichkeit einen internen Sklavenhandel ankurbelte, denn Sklaven waren größtenteils für das Sammeln der Palmfrüchte, die Herstellung des Palmöls und den Transport an die Küste verantwortlich, sei es mit dem Kanu oder mit menschlichen Trägern. Der Palmölhandel war auch mit dem Sokoto-Dschihad und den Yoruba-Kriegen verbunden, denn viele Krieger erkannten die Bedeutung der Sklaven nicht nur als Soldaten und Produzenten von Nahrungsmitteln für die Ernährung der Soldaten, sondern auch als Produzenten von Palmöl zum Tausch gegen europäische Dänenwaffen und andere Waren.
Viele der in den 1820er und 30er Jahren exportierten Sklaven wurden von den Schiffen der Royal Navy abgefangen, emanzipiert und in Sierra Leone unter missionarischer Vormundschaft abgesetzt. Einige von ihnen begannen, auf der Suche nach Heimat und Handel aus Sierra Leone zurückzuwandern. Sie luden Missionare ein, ihnen zu folgen, und stellten sich in den 1840er Jahren als Agenten zur Verfügung, die Missionaren und britischen Händlern Zugang zu Orten wie Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass und Bonny verschafften. 1841 versuchten die Briten, einige Egba auf einer Musterfarm in Lokoja anzusiedeln, aber der Plan wurde abgebrochen, weil die Sterblichkeitsrate unter den europäischen Beamten so hoch war. Auch zum Schutz der Egba beschossen die Briten 1851 Lagos, vertrieben Kosoko, den regierenden Oba, und setzten seinen Onkel Akitoye wieder ein, der eher bereit schien, sich an einer Kampagne zur Abschaffung des Sklavenhandels zu beteiligen. Die Briten annektierten Lagos 1861, um Akitoyes Sohn und Nachfolger zu schützen, Kosokos Rückkehrversuch zu vereiteln und eine Basis für weitere Aktivitäten zu sichern.
Die Briten waren noch nicht bereit, die Kosten für die Aufrechterhaltung einer Verwaltung in Nigeria zu übernehmen. Um die Kosten zu senken, wurde Lagos zunächst von Freetown in Sierra Leone aus verwaltet, zusammen mit Goldküsten-Forts wie Elmina, und später von Accra (im heutigen Ghana); erst 1886 wurde Lagos eine eigene Kolonie. In Fernando Po wurde ein Konsul unterhalten, der den lukrativen Palmölhandel in der Region der Ölflüsse überwachte. Missionare waren aktiv: Presbyterianer in Calabar und die Church Missionary Society (CMS), Methodisten und Baptisten in Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo, und Ogbomoso. Die CMS leistete Pionierarbeit für den Handel auf dem Niger, indem sie den schottischen Entdecker und Kaufmann Macgregor Laird ermutigte, ein monatliches Dampfschiff zu betreiben, das den Transport für Missionsagenten und sierra-leonische Händler auf dem Niger ermöglichte. Auf diese Weise konnte Bischof Samuel Ajayi Crowther – geboren in der von Yoruba bewohnten Gegend von Oshogbo und der erste Afrikaner, der von der CMS ordiniert wurde – Missionsstationen in Onitsha, Lokoja und Eggan und später in Brass und Bonny errichten.
In den 1870er Jahren wurde der Nigerhandel profitabel, und einige französische Unternehmen wurden aufmerksam. Französische römisch-katholische Missionare, die sich in Ouidah (Whydah) niedergelassen hatten, trafen in Lagos ein und überlegten, am Niger zu missionieren. Die Briten reagierten auf solche Anzeichen von Rivalität, indem sie ihr Recht auf freie Schifffahrt auf dem Fluß bei der Berliner Westafrika-Konferenz von 1884-85 verteidigten. Zur gleichen Zeit kaufte George Dashwood Goldie, ein britischer Geschäftsmann, alle französischen Konkurrenten auf und gründete die Royal Niger Company (gechartert 1886), um den Handel auf dem Niger zu kontrollieren und die riesigen Territorien des Sokoto-Kalifats und Borno zu verwalten. Zusätzlich wurden zwei weitere Protektorate ausgerufen, eines über die Ölflüsse und das andere über das Hinterland von Lagos, um den Anspruch zu erheben, dass diese Gebiete ebenfalls britische „Interessensphären“ waren.
Die Grenzen der beiden Protektorate und der Gebiete der Royal Niger Company waren schwer zu definieren, aber die Spannungen wurden 1894 entschärft, als beide Entitäten zum Niger Coast Protectorate zusammengelegt wurden. Die Rivalität zwischen der Royal Niger Company und dem Lagos-Protektorat über die Grenze zwischen dem Emirat Ilorin und dem Reich von Ibadan wurde mit der Aufhebung der Charta der Royal Niger Company am 1. Januar 1900 im Gegenzug für weitreichende Mineralienkonzessionen gelöst.
Im Norden war Frederick Lugard, der erste Hochkommissar von Nordnigeria, maßgeblich an der Unterwerfung der Fulani-Emire beteiligt. Einige wurden abgesetzt, andere wurden im Kampf besiegt, wieder andere kollaborierten. Bis 1903 war die Eroberung der Emirate abgeschlossen. Die von Lehmwänden umgebene Stadt Kano wurde im Februar erobert, und nach einem heftigen Scharmützel bei Kotorkwashi fiel die Hauptstadt des Sultans, Sokoto, im nächsten Monat. Alle Gebiete waren nun unter britischer Kontrolle, und die Suche nach einer Identität begann, zunächst als Nord- und Südnigeria und dann mit einer eventuellen Verschmelzung.
Das britische Vordringen in Nigeria stieß im ganzen Land auf verschiedene Formen des Widerstands. Im Süden mussten die Briten viele Kriege führen, insbesondere die Kriege gegen die Ijebu (eine Yoruba-Gruppe) im Jahr 1892, die Aro im östlichen Igboland und bis 1914 die Aniocha im westlichen Igboland. Im Norden gingen viele Emirate nicht militärisch vor, aber der abgesetzte Kalif Atahiru I. rebellierte 1903. Viele Muslime griffen auf die Migration als Form des Widerstands zurück, eine Taktik, die als hejira bekannt ist, bei der diejenigen gemieden werden, die als Ungläubige wahrgenommen werden.
Der Widerstand war im westlichen Igboland stark, wo eine Reihe von Kriegen gegen die Briten geführt wurde. Die Ekumeku, die gut organisiert waren und deren Anführer durch Geheimhaltungsschwüre verbunden waren, griffen die Briten effektiv mit Guerillataktiken an. Ihre Streitkräfte, die sich aus Hunderten von Igbo-Jugendlichen aus allen Teilen der Region zusammensetzten, bereiteten den Briten viele Probleme, aber die Briten setzten sich mit einer starken Taktik und schwerer Bewaffnung (Zerstörung von Häusern, Farmen und Straßen) durch. Die Ekumeku wurden jedoch zu einer großen Quelle des Igbo-Nationalismus.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola