Der Legende nach errang Graf Afonso Henriques im Jahr 1139 einen entscheidenden Sieg gegen maurische Truppen bei Ourique. Die fünf Schilde, die er angeblich aus den Händen von fünf maurischen Königen schlug, spiegelten sich später in den fünf blauen Schilden auf seinem weißen Banner wider. Jeder Schild trug fünf weiße Scheiben für die fünf Wunden Christi, der der Überlieferung nach vor der Schlacht erschien und den Erfolg des Grafen garantierte. Im 13. Jahrhundert fügte König Afonso III. dem Schild eine rote Umrandung mit goldenen Burgen als Symbol für das benachbarte Königreich Kastilien hinzu; dies könnte 1254 geschehen sein, als er Beatriz von Kastilien (die uneheliche Tochter von Alfonso X.) heiratete und veranlasste, dass das als Algarve bekannte Gebiet an Portugal übertragen wurde.
Dieses Wappen, das von einer Krone überragt wird, erschien im Laufe der Jahrhunderte auf vielen portugiesischen Flaggen – zum Beispiel nach 1640, als Portugal seine Unabhängigkeit von Spanien wiedererlangte, waren die Flaggen weiß mit dem königlichen Wappen. Im Jahr 1816 wurde ein Symbol für Brasilien, die Armillarsphäre, hinter dem Schild hinzugefügt. Die Armillarsphäre wurde von früheren portugiesischen Königen, die im 15. und 16. Jahrhundert weltweite Entdeckungs- und Besiedlungsreisen gefördert hatten, als Navigationsinstrument verwendet. Obwohl dieses Symbol in den 1820er Jahren aufgegeben wurde, als Brasilien unabhängig wurde, wurde es am 30. Juni 1911 nach der Oktoberrevolution 1910, die die Monarchie stürzte und Portugal zu einer Republik machte, wieder eingeführt. Zur gleichen Zeit ersetzten Grün und Rot die blauen und weißen Hintergrundstreifen der Flagge, die seit 1830 in Gebrauch waren. Rot war die Farbe der Revolutionsflagge, und Grün wurde hinzugefügt, damit die neue Nationalflagge nicht mit der alten königlichen Standarte verwechselt werden konnte, die einen schlichten roten Hintergrund hatte. Grün und Rot waren auch in vielen frühen portugiesischen Flaggen zu finden, wie z. B. in denen des Christusordens und denen, die die Kreuze von Avis zeigen.