Mit 12 Jahren galt die junge Braut bereits als große Schönheit. Seit dem Tod seines Vaters ein Jahr zuvor war der 24-jährige Edward II. nun König. Doch er zeigte nur wenig Interesse an Isabella. Seine erste Handlung als König war, den verbannten Piers Gaveston zurückzurufen. Ein Chronist schrieb: „Er hatte seine größte Liebe zu Hause.“
Was auch immer ihre Beziehung genau war, Edward II. betrachtete Gaveston mit großer Zuneigung. Von Beginn seiner Ehe mit Isabella an war ihre Beziehung nicht gut. Edward hatte kein romantisches Interesse an Isabella. Isabella fand bald heraus, dass ihr Mann ihr kein Geld gab. Sie schrieb an ihren Vater und erzählte ihm, dass sie in Armut lebte. König Philip schrieb schnell zurück und verlangte, dass Edward für seine Frau und alle Kinder, die sie haben könnten, sorgen sollte. Edward hielt sich mit Ausreden zurück. In der Zwischenzeit entdeckte Isabella, dass Piers Gaveston viele der Juwelen erhalten hatte, die ihr Vater ihr als Teil ihrer Mitgift gegeben hatte. Isabella war wütend. Ihre Onkel warnten Edward, dass sie nicht an ihrer Krönung teilnehmen würden, wenn er Gaveston nicht loswerden würde. Aber Edwards Barone hatten bereits die gleichen Drohungen ausgesprochen. Edward versprach, er würde sich um alles kümmern, wenn das Parlament im März zusammentrat. Als Gaveston mit der Leitung der Krönung betraut wurde, ging eine Sache nach der anderen schief. Bei der Banketttafel zu Ehren des Königs und der Königin saß Gaveston neben dem König statt neben Isabella. Er zeigte sogar sein Wappen neben dem des Königs statt dem von Isabella. Die Barone und Isabellas Verwandten waren wütend über diese Beleidigungen ihrer neuen Königin. Aber erst 1311 stellten die Barone eine Liste von Verordnungen auf, die der König zu befolgen hatte. Die erste war, Piers Gaveston loszuwerden. Aber noch vor 1312 kam Gaveston zurück nach England. Im selben Jahr war Isabella mit ihrem ersten Kind schwanger. Um den Baronen zu entkommen, flohen Edward und Gaveston nach Norden und nahmen Isabella mit. Sie ließen sie ungeschützt in York zurück, während Edward und Gaveston auf einem Schiff entkamen. Aber die Barone waren nicht sauer auf Isabella. Gaveston wurde gefangen genommen und im Sommer 1312 ermordet. Das beendete Isabellas Probleme nicht, denn Edward fand in Hugh le Despenser einen neuen Liebling. Im November wurde ihr erstes Kind geboren, der zukünftige Edward III. von England. Aber Despenser hasste Isabella noch mehr als Gaveston. Bis 1321 war sie praktisch eine Gefangene. Bis 1324 hatte Edward alle ihre Ländereien an Despenser gegeben.