Jan Żabiński wurde in Warschau als Sohn von Józef Żabiński und seiner Frau Helena geb. Strzeszewska geboren, die ihn die Liebe zu Tieren lehrte. Jan trat 1919 in die entstehende polnische Armee ein und nahm am polnisch-sowjetischen Krieg 1920 teil, wofür er sein erstes Tapferkeitskreuz erhielt.
Im wiederhergestellten souveränen Polen der Zwischenkriegszeit wurde Żabiński Agraringenieur mit dem Doktortitel in Zoologie. Er war am Institut für Zoologie und Physiologie der Tiere der Warschauer Universität für Lebenswissenschaften (SGGW) tätig und lernte dort Antonina Erdman, seine spätere Frau, kennen. Er war Mitbegründer des Warschauer Zoos und war ein Jahrzehnt lang, von 1929 bis zum deutschen Einmarsch in Polen 1939, dessen Direktor. Außerdem unterrichtete er Geographie an der privaten Kreczmar-Oberschule (pl). 1937 überwachte Żabiński die Geburt von „Tuzinka“, dem 12. Elefanten, der jemals in Gefangenschaft geboren wurde. Nach der Befreiung Polens 1945 nahm er bald darauf seine Position als Direktor des Warschauer Zoos wieder auf und war dort bis März 1951 tätig. Für seine Rettung des Holocausts wurde er 2008 posthum von Präsident Lech Kaczyński mit dem Kommandeurskreuz des Ordens der Polonia Restituta mit Stern ausgezeichnet. Seine Frau Antonina wurde ebenfalls mit dem Kommandeurskreuz ausgezeichnet.
Polnische Untergrundaktivitäten
Nach der deutschen Machtübernahme in Warschau im September 1939 wurde Żabiński, ein Zoodirektor, von der neuen NS-Verwaltung auch zum Aufseher der öffentlichen Parks ernannt. Als Angestellter der Warschauer Stadtverwaltung durfte er das Warschauer Ghetto offiziell betreten, als dieses 1940 gegründet wurde. Jan und seine Frau Antonina begannen sofort, ihren vielen jüdischen Freunden zu helfen. Er nutzte die Gelegenheit, das Warschauer Ghetto zu besuchen, angeblich um den Zustand der Flora innerhalb der Ghettomauern zu inspizieren. Żabiński hielt den Kontakt zu seinen jüdischen Kollegen und Freunden aus der Zeit vor dem Einmarsch aufrecht, half ihnen bei der Flucht und fand Unterschlupf auf der „arischen“ Seite der Stadt. Zu den vielen Juden, die er rettete, gehörten die Bildhauerin Magdalena Gross mit ihrem Mann Maurycy Paweł Fraenkel, die Schriftstellerin Rachela Auerbach, Regina und Samuel Kenigswein mit Kindern, Eugenia Sylkes, Marceli Lewi-Łebkowski mit Familie, Marysia Aszerówna, die Familie Keller, Professor Ludwik Hirszfeld sowie Leonia und Irena Tenenbaum, Frau und Tochter des Entomologen Szymon Tenenbaum (im Ghetto ermordet), sowie zahlreiche andere; von denen die meisten den Holocaust überlebten und ihn Jahre später für den Righteous Award nominierten.
Während des deutschen Luftangriffs auf Warschau im September 1939 wurden viele Tiergehege geleert und die Zooexemplare an andere Orte gebracht. Die Żabińskis beschlossen, die sauberen Gehege, Käfige und Ställe als Verstecke für fliehende Juden zu nutzen. Im Laufe von drei Jahren fanden Hunderte von Juden in diesen verlassenen Käfigen am Ostufer der Weichsel vorübergehend Unterschlupf, bis sie anderswo Zuflucht fanden. Zusätzlich wurden etwa ein Dutzend Juden in Żabińskis zweistöckigem Privathaus auf dem Gelände des Zoos untergebracht. Bei diesem gefährlichen Unterfangen halfen ihm seine Frau Antonina, eine anerkannte Schriftstellerin, und ihr kleiner Sohn Ryszard, der die vielen verzweifelten Juden in ihrer Obhut ernährte und versorgte. Zunächst zahlte Żabiński aus eigenen Mitteln, um die Unterhaltskosten zu subventionieren; dann erhielt er Geld durch den Żegota: Rat zur Unterstützung der Juden.
Als aktives Mitglied der polnischen Untergrund-Widerstandsbewegung Armia Krajowa (Heimatarmee) im Rang eines Leutnants nahm Żabiński im August und September 1944 am polnischen Aufstand in Warschau teil. Nach dessen Niederschlagung wurde er als Gefangener in Lager in Deutschland gebracht. Seine Frau setzte ihre Arbeit fort und kümmerte sich um die Bedürfnisse einiger der in den Ruinen der Stadt zurückgebliebenen Juden.