Die Konföderation Unabhängiger Systeme wurde erstmals in Angriff der Klone gezeigt. Diese Bewegung, angeführt von Kanzler Palpatine, gewann an Unterstützung und hatte bald die Unterstützung von tausenden von Sonnensystemen. Die Galaktische Republik befürchtete, dass ein Krieg beginnen würde. Count Dooku und die Anführer der Separatisten bereiteten sich auf einen Krieg vor. Nute Gunray, der Anführer der Handelsföderation, stellte der separatistischen Armee Tausende von Kampfdroiden zur Verfügung. Andere Anführer, wie Poggle der Kleine und San Hill, spendeten Geld und Droiden für die Sache der Separatisten. Auf dem Planeten Geonosis traf sich Count Dooku mit den Anführern der mächtigen Unternehmen. Count Dooku unterbreitete sein Angebot und die Konföderation der Unabhängigen Systeme wurde gegründet. Der Jedi Obi-Wan Kenobi belauschte das Treffen und sandte eine Warnung an die Republik. Die Republik schickte eine neu geschaffene Klonarmee, um die Kampfdroiden zu bekämpfen. Mit dieser Schlacht auf Geonosis begannen die Klonkriege. Der geonosianische Erzherzog Poggle der Kleinere übergibt Count Dooku die Pläne einer neuen Waffe. Count Dooku verlässt den Planeten und geht nach Coruscant. Er übergibt die Pläne an Darth Sidious und teilt ihm mit, dass der Krieg begonnen hat.