Lydia Pinkham wurde in der Fabrikstadt Lynn, Massachusetts, als zehntes von zwölf Kindern von William und Rebecca Estes geboren. Die Estes waren eine alte Quäker-Familie, die ihre Abstammung auf einen William Estes zurückführte, einen Quäker, der 1676 nach Amerika auswanderte, und über ihn auf das italienische Haus Este aus dem 13. William Estes war ursprünglich Schuhmacher, aber als Lydia 1819 geboren wurde, war er durch den Handel mit Immobilien wohlhabend geworden und hatte den Status eines „Gentleman-Farmers“ erlangt. Lydia wurde an der Lynn Academy ausgebildet und arbeitete als Schullehrerin, bevor sie im September 1843 heiratete.
Die Esteses waren eine stark abolitionistische und gegen Rassentrennung eingestellte Familie. Der geflohene Sklave und Abolitionistenführer Frederick Douglass war ein Nachbar und ein Freund der Familie. Der Haushalt der Estes war ein Treffpunkt für lokale und besuchende Abolitionistenführer wie William Lloyd Garrison. In den 1830er Jahren trennten sich die Estes von den Quäkern wegen der Sklavenfrage. Lydia trat der Lynn Female Anti-Slavery Society bei, als sie sechzehn Jahre alt war. In den Kontroversen, die die abolitionistische Bewegung in den 1840er Jahren spalteten, unterstützte Lydia die feministischen und moralischen Positionen von Nathaniel P. Rogers. Ihre Kinder setzten die Anti-Sklaverei-Tradition fort.
Isaac Pinkham war ein 29-jähriger Schuhfabrikant, als er Lydia 1843 heiratete. Er versuchte sich ohne großen Erfolg in verschiedenen Geschäften, unter anderem im Immobiliengeschäft. Lydia brachte 1844 ihr erstes Kind, Charles Hacker Pinkham, zur Welt. Ihr zweites Kind verlor sie durch eine Magen-Darm-Erkrankung, brachte aber 1848 ihr zweites überlebendes Kind, Daniel Rogers Pinkham, zur Welt. Ein dritter Sohn, William Pinkham, wurde 1852 geboren, und eine Tochter, Aroline Chase Pinkham, 1857. Alle Pinkham-Kinder sollten später in das Pinkham-Medizingeschäft einsteigen.
Wie viele Frauen ihrer Zeit braute Pinkham Hausmittel, für die sie ständig Rezepte sammelte. Ihr Mittel gegen „weibliche Beschwerden“ wurde sehr beliebt bei ihren Nachbarn, an die sie es verschenkte. Eine Geschichte besagt, dass ihr Ehemann das Rezept als Teilzahlung für eine Schuld erhalten habe. Was auch immer daran wahr sein mag, die Zutaten ihres Heilmittels stimmten im Allgemeinen mit dem Kräuterwissen überein, das ihr durch Quellen wie John Kings American Dispensary zur Verfügung stand, von dem bekannt ist, dass sie es besaß und benutzte.
Zu Lydia Pinkhams Zeit und an ihrem Wohnort war das Ansehen der Ärzteschaft gering. Medizinische Honorare waren für die meisten Amerikaner zu teuer, um sie sich außer in Notfällen leisten zu können. In manchen Fällen waren die Heilmittel eher tödlich als heilend. Zum Beispiel war eine gängige „Medizin“, Kalomel, in Wirklichkeit keine Medizin, sondern ein tödliches Quecksilbergift. Obwohl Quecksilber kein Bestandteil von Pinkhams Präparat war, war die Unzuverlässigkeit von Medikamenten hinreichend bekannt, um das Thema eines populären Comics zu sein. Unter diesen Umständen vertrauten viele lieber nicht lizenzierten „Wurzel- und Kräuter“-Praktikern und vor allem Frauen, die bereit waren, ihre Hausmittel zu teilen, wie Lydia Pinkham.
Isaac Pinkham wurde in der wirtschaftlichen Depression der frühen 1870er Jahre finanziell ruiniert. Das Glück der Familie Pinkham war schon lange unbeständig gewesen, doch nun brach eine schwere Zeit an. 1875 entstand die Idee, aus dem Heilmittel ein Familienunternehmen zu machen. Lydia stellte das Mittel zunächst auf ihrem Herd her, bevor der Erfolg es ermöglichte, die Produktion in eine Fabrik zu verlegen. Sie beantwortete Briefe von Kunden und schrieb wahrscheinlich den größten Teil der Werbetexte. Ab 1876 massenhaft vermarktet, wurde Lydia E. Pinkham’s Vegetable Compound zu einem der bekanntesten Patentarzneimittel des 19. Jahrhunderts. Abkömmlinge dieses Produkts sind noch heute erhältlich. Pinkhams Geschick bestand darin, ihr Produkt direkt an Frauen zu vermarkten, und ihre Firma setzte ihre gewiefte Marketingtaktik auch nach ihrem Tod fort. Ihr eigenes Gesicht prangte auf dem Etikett, und ihre Firma legte besonderen Wert auf die Verwendung von Erfahrungsberichten dankbarer Frauen.
Werbetexte forderten Frauen auf, an Mrs. Pinkham zu schreiben. Das taten sie, und sie erhielten Antworten. Sie schrieben und erhielten noch Jahrzehnte nach Pinkhams eigenem Tod Antworten. Diese von Mitarbeitern geschriebenen Antworten kombinierten freimütige Gespräche über medizinische Probleme von Frauen, Ratschläge und natürlich Empfehlungen für das Produkt des Unternehmens. 1905 veröffentlichte das Ladies‘ Home Journal ein Foto von Lydia Pinkhams Grabstein und entlarvte den Betrug. Die Firma Pinkham bestand darauf, dass sie nie den Eindruck erwecken wollte, die Briefe würden von Lydia Pinkham beantwortet, sondern von ihrer Schwiegertochter Jennie Pinkham.
Obwohl Pinkhams Motive wirtschaftlicher Natur waren, bewundern viele moderne Feministinnen sie dafür, dass sie Informationen über die Menstruation und die „Tatsachen des Lebens“ verbreitete, und sie betrachten sie als eine Vorkämpferin für die Gesundheit von Frauen in einer Zeit, in der Frauen vom medizinischen Establishment schlecht versorgt wurden. Das Lydia Pinkham House, das sich in der Nähe ihrer Fabrik an der Western Ave in Lynn, Massachusetts, befindet, wurde am 25. September 2012 in das National Register of Historic Places aufgenommen. 1922 gründete Lydias Tochter Aroline Pinkham Chase Gove die Lydia E. Pinkham Memorial Clinic in Salem, Massachusetts, um junge Mütter und ihre Kinder medizinisch zu versorgen. Die Klinik wird seit 1990 von Stephen Nathan Doty geleitet, einem Nachfahren von Lydia in vierter Generation, der das Gedenkgebäude auch als seinen persönlichen Wohnsitz nutzt. Die Klinik ist seit 2013 in Betrieb. Sie ist als Site 9 des Salem Women’s Heritage Trail ausgewiesen.