Youssef wurde in Ägypten geboren, wo er Christ wurde, und lebte im Libanon und in Australien, bevor er in die Vereinigten Staaten zog. In Australien studierte Youssef am Moore Theological College in Sydney, wurde zum Pastor ordiniert und lernte seine Frau Elizabeth kennen.
Die Youssefs wanderten 1977 in die Vereinigten Staaten ein und 1984 wurde Youssef US-Bürger. Er erwarb weitere Abschlüsse am Fuller Theological Seminary in Kalifornien und an der Emory University in Georgia.
Youssef arbeitete fast 10 Jahre lang mit dem Haggai Institute, reiste um die Welt und gab Kurse in Evangelisation und Gemeindeleitung für Gemeindeleiter. Im Jahr 1987 gründete er die Kirche der Apostel. Er ist Autor von mehr als 35 Büchern, darunter The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi und Jesus, Jihad and Peace.
Youssef gründete 1988 Leading The Way, einen Dienst in Atlanta, Georgia, mit dem Schwerpunkt, Muslime im Nahen Osten zu erreichen. Er ist auch der Gründungspastor der Church of the Apostles in Atlanta.
Youssef und seine Frau leben in Atlanta und haben vier erwachsene Kinder und acht Enkelkinder.