Youku wurde von Victor Koo (Gu Yongqiang), dem ehemaligen Präsidenten des chinesischen Internetportals Sohu, gegründet. Die Anfangsfinanzierung für die Seite kam von 1Verge, einem von Koo aufgelegten Fonds. Eine Beta-Version der Website wurde im Juni 2003 mit begrenzter geografischer Reichweite gestartet, und die Website wurde im Dezember 2003 offiziell gestartet. Im Jahr 2007 erhielt das Unternehmen eine Finanzierung in Höhe von 25 Millionen US-Dollar von Risikokapitalgebern. Im Dezember 2009 gab das Unternehmen bekannt, dass es insgesamt 110 Millionen US-Dollar an privatem Beteiligungskapital erhalten hat. Zu den Hauptinvestoren gehören Brookside (Bain) Capital, Sutter Hill Ventures, Maverick Capital und Chengwei Ventures.
Das Unternehmen legte anfangs den Schwerpunkt auf nutzergenerierte Inhalte, hat seinen Fokus aber inzwischen auf professionell produzierte Videos verlagert, die von über 1.500 Content-Partnern lizenziert wurden.
Im Januar 2010 war Youku.com laut dem Internet-Metrikanbieter CR-Nielsen die Nummer 1 im chinesischen Internet-Videosektor (wenn man bedenkt, dass YouTube in China verboten ist). Im Jahr 2008 ging Youku eine Partnerschaft mit Myspace in China ein. Später im selben Jahr wurde Youku als einziger Online-Videoanbieter in die China-Edition von Mozilla Firefox eingebettet.
Im Januar 2010 kündigten Youku und der Konkurrent Tudou die Gründung eines Video-Broadcasting-Austauschnetzwerks an, in dessen Rahmen Youku und Tudou professionell produzierte Videoinhalte gegenseitig lizenzieren werden.
Youku verzeichnete 2009 einen Bruttoumsatz von 200 Millionen RMB.
Am 8. Dezember 2010 wurde Youku zum ersten Mal an der New Yorker Börse gelistet. Die Aktie schloss am ersten Handelstag bei 33,44 $, womit das Unternehmen eine Marktkapitalisierung von ca. 3,3 Mrd. $ erreichte. Für die ersten 9 Monate des Jahres 2010 meldete Youku einen Umsatz von $35,1 Millionen und verzeichnete in diesem Zeitraum einen Verlust von $25 Millionen. YouKu.com scheint keinen Bezug zur chinesischen Domain youku.cn zu haben.
Victor Koo war einst Mitarbeiter der Bain & Company, einer der bekanntesten Unternehmensberatungsfirmen der Welt.
Im Dezember 2018 gab das Unternehmen die Entlassung des Präsidenten der Einheit Yang Weidong bekannt, weil er die Polizei bei den Ermittlungen im Fall der Suche nach wirtschaftlichen Vorteilen unterstützt hatte.
Fusion
Am 12. März 2012 kündigten Youku und Tudou, zwei der größten Online-Videofirmen in China, Pläne zur Fusion an, wodurch eine der größten Videoseiten Chinas entstehen sollte. Vor der Ankündigung der Fusion war Youku die Nummer 11 der Websites in China und Tudou die Nummer 14. Der Name des Unternehmens wurde in Youku Tudou Inc. geändert. Der Vorstandsvorsitzende ist Victor Koo, der Gründer von Youku. Das Unternehmen hatte eine an der NYSE notierte Aktie, YOKU, bevor es am 6. November 2015 von der Alibaba Group übernommen wurde. Im Dezember 2016 meldete es, dass es 30 Millionen Abonnenten hatte.