Nach ihrer Ankunft in Animal Junction lehnen sich die Kratt-Brüder (Chris und Martin Kratt) aus dem Fenster und rufen Zoboomafoo (oder kurz „Zoboo“ und gelegentlich „Zob“), der in einem Live-Action-Segment als echter Lemur (Jovian) gezeigt wird, der über ein Feld springt, um sie zu erreichen. Wenn der Lemur Animal Junction erreicht, spricht er erst mit den Kratt-Brüdern, wenn sie ihm einen Snack geben, normalerweise lemurengerechtes Essen wie Kichererbsen, Süßkartoffeln oder Mangoscheiben. Nachdem er seinen Snack aufgegessen hat, rülpst er prompt und sagt: „Entschuldigung“. Dann dreht er sich auf einer Drehscheibe und schreit: „Zoboomafoo-oo-oo-oo!“, woraufhin er zu einer sprechenden Lemurenpuppe wird (gesprochen von Robertson). Er leitet dann den Hauptteil der Episode ein, indem er ein „Mangatsika!“ (ein madagassisches Wort, das wörtlich „kalt“ bedeutet, aber in der Serie für „cool“ verwendet wird) beschreibt, das er auf seinem Weg zur Animal Junction gesehen hat. Während er das Tier beschreibt, wird das Lied „Who Could It Be?“ gespielt, während ein Cartoon die Eigenschaften des „mysteriösen Tieres“ zeigt. Am Ende des Liedes versuchen Chris und Martin zu erraten, welches Tier Zoboo beschrieben hat und das Geheimnis wird gelüftet, wenn das Tier oder die Tiere in Animal Junction ankommen.
Jede Episode hat ein Thema. Zum Beispiel Babytiere, furchterregende Tiere oder die Bedeutung des Spiels. Die Ankunft des „mysteriösen Tieres“, die im Allgemeinen als Exposition verwendet wird, führt Zoboo, Chris und Martin in ein Gespräch über das Tier. Mindestens einmal pro Episode (in den meisten Episoden zweimal) sagt Zoboo, dass irgendein Ereignis in Animal Junction ihn an eine Zeit in Zobooland erinnert, wobei er Geschichten über seine besten Freunde in Zobooland erzählt, wie z. B. Narchi (eine ameisenbärähnliche Kreatur), Gooble (eine bärenähnliche Kreatur, die Gooblebeeren isst), Sensit (ein Lemur, der typischerweise herumspielt), Wiggy Waxwing (eine vogelähnliche Kreatur, die gerne singt und Wurzelnudeln isst), Green Puppy (ein grüner Welpe, wie der Name schon sagt), Slimantha (ein salamanderähnliches Wesen), Noggin Drill (ein maulwurfähnliches Wesen, das sein bohrerförmiges Horn benutzt), Snow Lemur (ein Lemur, der auf einem Berg lebt), Baby Zoboomafooasaurus und Mama Zoboomafooasaurus (Dinosaurier, die in CGI erscheinen und auf denen die Tiere oft spielen), Buggly (ein Käfer, auf dem Zoboo reitet), Fibby (eine Meereskreatur mit mehreren Teilen, darunter ein Tentakel und ein Krabbenbein) und Cy (ein schwebender einäugiger Tintenfisch, der in der zweiten Staffel eingeführt wurde). Diese Segmente sind mit Knete animiert und verfügen über unterschiedliche Stimmen für jeden Charakter.
Nach der ersten Zobooland-Geschichte erhalten Zoboo, Chris und Martin einen Brief von den Tierhelfern (Jackie in der ersten Staffel und Amy in der zweiten Staffel), die Kindern zeigen, wie man Tieren helfen kann. Dies führt dazu, dass Chris und Martin hinausgehen, um Kreaturen zu besuchen, die mit dem Thema in Verbindung stehen, immer beginnend mit dem Lied „Going to the Closet“, gesungen von Zoboo (und manchmal den Figuren aus Zobooland). Am Ende jeder Folge singen Zoboo und die Brüder zum Abschluss „Animal Friends“, ein Lied, in dem erklärt wird, warum Tiere trotz ihrer unterschiedlichen Spezies für alle Freunde sind. Am Ende verwandelt sich Zoboo wieder in einen normalen Lemur und kehrt in sein Zuhause in Madagaskar zurück. Chris und Martin verlassen Animal Junction auch, um das Thema des Tages besser zu veranschaulichen, indem sie in eine Region, oft in Indien oder Afrika, reisen, um die dortigen Lebewesen zu besuchen.
Vor dem Abspann jeder Folge zeigen und erzählen Kinder den Zuschauern verschiedene Tiere und Haustiere, die sie haben, und es wird ein Disclaimer abgespielt, der die Zuschauer darauf hinweist, dass sie mit den Tieren, die sie treffen, vorsichtig sein sollten. Dann erwähnen Chris und Martin tierische Fakten, die Zoboo zu einem Witz verleiten. Beispiel: „Klopf, klopf. Wer ist da? Panther. Panther wer? Panther ohne Hose, ich gehe schwimmen!“. Der Haftungsausschluss und der Witz wurden für Ausstrahlungen außerhalb von PBS (außer On Demand und PBS Kids Sprout) herausgeschnitten.