La Confédération des systèmes indépendants a été montrée pour la première fois dans L’Attaque des clones. Ce mouvement, dirigé par le chancelier Palpatine, a gagné des appuis et a bientôt bénéficié du soutien de milliers de systèmes solaires. La République Galactique craignait le début d’une guerre. Le comte Dooku et les chefs séparatistes se préparaient à une guerre. Nute Gunray, leader de la Fédération du Commerce, donna des milliers de droïdes de combat à l’armée séparatiste. D’autres dirigeants, comme Poggle le Petit et San Hill, donnèrent de l’argent et des droïdes à la cause séparatiste. Sur la planète Geonosis, le comte Dooku rencontra les dirigeants de puissantes entreprises. Le Comte Dooku fit son offre et la Confédération des Systèmes Indépendants fut formée. Le Jedi Obi-Wan Kenobi a entendu la réunion et a envoyé un avertissement à la République. La République envoya une armée de clones nouvellement créée pour combattre les droïdes de combat. Cette bataille sur Géonosis marque le début de la Guerre des Clones. L’archiduc géonosien Poggle le Mineur donne les plans d’une nouvelle arme au comte Dooku. Le comte Dooku quitte la planète et se rend à Coruscant. Il donne les plans à Dark Sidious tout en lui disant que la guerre a commencé.