Selon la légende, le comte Afonso Henriques remporta en 1139 une victoire décisive contre les forces maures à Ourique. Les cinq boucliers qu’il aurait frappés des mains de cinq rois maures se sont ensuite reflétés dans les cinq boucliers bleus de sa bannière blanche. Chaque bouclier porte cinq disques blancs représentant les cinq plaies du Christ, qui, selon la tradition, est apparu avant la bataille et a garanti le succès du comte. Au XIIIe siècle, le roi Afonso III a ajouté une bordure rouge avec des châteaux d’or à l’écu comme symbole du royaume voisin de Castille ; cela a peut-être eu lieu en 1254, lorsqu’il a épousé Béatriz de Castille (la fille illégitime d’Alphonse X) et a fait en sorte que le territoire connu sous le nom d’Algarve soit transféré au Portugal.
Surmontées d’une couronne, ces armes sont apparues sur de nombreux drapeaux portugais au cours des siècles – par exemple, après 1640, lorsque le Portugal a retrouvé son indépendance vis-à-vis de l’Espagne, ses drapeaux étaient blancs avec les armes royales. En 1816, un symbole du Brésil, la sphère armillaire, a été ajouté derrière le bouclier. La sphère armillaire était utilisée comme instrument de navigation par les précédents rois portugais qui avaient parrainé des voyages d’exploration et de colonisation dans le monde entier aux 15e et 16e siècles. Bien que ce symbole ait été abandonné dans les années 1820, lorsque le Brésil est devenu indépendant, il a été rétabli le 30 juin 1911, après la révolution d’octobre 1910 qui a renversé la monarchie et fait du Portugal une république. Au même moment, le vert et le rouge ont remplacé les bandes de fond bleues et blanches du drapeau, en usage depuis 1830. Le rouge était la couleur du drapeau révolutionnaire, et le vert a été ajouté pour que le nouveau drapeau national ne soit pas confondu avec l’ancien étendard royal, qui avait un fond rouge uni. Le vert et le rouge avaient également figuré dans de nombreux drapeaux portugais anciens, tels que ceux de l’Ordre du Christ et ceux montrant les croix d’Avis.