À 12 ans, la jeune mariée était déjà considérée comme une grande beauté. Depuis la mort de son père un an plus tôt, Édouard II, âgé de 24 ans, est désormais roi. Mais il montra très peu d’intérêt pour Isabella. Sa première action en tant que roi a été de rappeler Piers Gaveston, exilé. Un chroniqueur a écrit « Il avait chez lui son plus grand amour. »
Quoi que soit exactement leur relation, Édouard II considérait Gaveston avec une grande affection. Dès le début de son mariage avec Isabella, leur relation n’était pas bonne. Edward n’avait aucun intérêt romantique pour Isabella. Isabella s’aperçoit rapidement que son mari ne lui donne pas d’argent. Elle écrit à son père pour lui dire qu’elle vit dans la pauvreté. Le roi Philippe lui répond rapidement en exigeant qu’Edward subvienne aux besoins de sa femme et des enfants qu’ils pourraient avoir. Edward se dérobe en donnant des excuses. Pendant ce temps, Isabella découvre que Piers Gaveston a reçu plusieurs des bijoux que son père lui avait donnés en guise de dot. Isabella est furieuse. Ses oncles préviennent Edward qu’ils n’assisteront pas à leur couronnement s’il ne se débarrasse pas de Gaveston. Mais les barons d’Edward avaient déjà fait les mêmes menaces. Edward promit qu’il s’occuperait de tout lorsque le parlement se réunirait en mars. Lorsque Gaveston est chargé du couronnement, les choses tournent mal les unes après les autres. À la table du banquet honorant le roi et la reine, Gaveston s’est assis à côté du roi au lieu d’Isabella. Il a même affiché ses armoiries à côté de celles du roi au lieu de celles d’Isabella. Les barons et les proches d’Isabella sont furieux de ces insultes à l’égard de leur nouvelle reine. Mais ce n’est qu’en 1311 que les barons établissent une liste d’ordonnances que le roi doit suivre. La première était de se débarrasser de Piers Gaveston. Mais avant 1312, Gaveston est revenu en Angleterre. Cette même année, Isabella était enceinte de leur premier enfant. Pour échapper aux barons, Edward et Gaveston ont fui vers le nord en emmenant Isabella avec eux. Ils l’ont laissée sans protection à York pendant qu’Edward et Gaveston s’échappaient sur un bateau. Mais les barons n’étaient pas fâchés contre Isabella. Gaveston a été capturé et assassiné au cours de l’été 1312. Cela n’a pas mis fin aux problèmes d’Isabella car Edward a trouvé un nouveau favori en Hugh le Despenser. En novembre, leur premier enfant est né, le futur Edouard III d’Angleterre. Mais Despenser détestait Isabella plus que Gaveston. En 1321, elle était pratiquement prisonnière. En 1324, Edward avait donné toutes ses terres à Despenser.