On sait peu de choses sur la façon dont le comté de Jones a obtenu son surnom « L’État libre de Jones », mais il y a eu de nombreuses rumeurs et théories. L’une d’entre elles, qui a été publiée dans le Magazine of American History, est un article de G. Norton Galloway, historien du Sixième Corps d’armée, intitulé « Une confédération dans une confédération ». Le seul problème de cette histoire est qu’elle ne cite aucune autorité et que M. Galloway n’a laissé aucune information pour le contacter. Il affirme dans son article qu’à la fin de l’année 1862, une convention s’est réunie à Ellisville, dans le comté de Jones, au Mississippi, et a adopté une ordonnance faisant sécession de l’État du Mississippi et des États confédérés d’Amérique. Il donne même les mots exacts de l’ordonnance : » Attendu que l’État du Mississippi a jugé bon de se retirer de l’Union fédérale pour des raisons qui paraissent justifiables, et que nous, citoyens de Jones, revendiquons le même droit, estimant que nos griefs sont suffisants en raison d’une loi injuste votée par le Congrès des États confédérés d’Amérique, nous obligeant à nous rendre dans des régions éloignées, etc…, etc…, il est donc résolu. Que nous rompons l’union existant jusqu’à présent entre le comté de Jones et l’État du Mississippi, et que nous proclamons notre indépendance dudit État, et des États confédérés d’Amérique†»
En raison notamment de la population clairsemée du comté de Jones, la majorité semblait être contre la sécession de l’État, et le comté de Jones a élu le présumé antisécessionniste J.D. Powell pour représenter Jones à la convention de sécession. Au moment du vote, Powell a voté pour la sécession. Powell fut pendu en effigie et maltraité au point qu’il n’osa plus revenir dans le comté pendant un certain temps.
Le comté de Jones envoya des troupes à la Confédération. Trois compagnies complètes et une grande partie de quatre autres furent formées sur ses frontières. Certains désertèrent et revinrent dans le comté de Jones en affirmant qu’ils ne se battraient pas pour les riches alors qu’ils étaient chez eux à prendre du bon temps. Vers la fin de l’année 1862, la célèbre « Newt Knight Company » fut formée, avec Newt Knight comme capitaine, Jasper Collins comme premier lieutenant et W. W. Sumrall comme second lieutenant. Plusieurs déserteurs de l’armée confédérée se joignirent à cette compagnie, qui comptait une soixantaine d’hommes au moment de sa création, mais qui fut ensuite portée à environ cent vingt-cinq. Ses membres venaient de diverses régions du pays. M. Galloway affirme que Newt Knight était le président de la sécession du comté de Jones de l’État du Mississippi. La compagnie a fait des raids contre les forces confédérées, et la rumeur veut qu’elle ait juré fidélité à l’armée de l’Union. Ils avaient un quartier général secret sur la Leaf River et ont livré de nombreuses batailles à Laurel et Ellisville.
Il existe d’autres théories quant au surnom. Il est vrai que le comté de Jones a été pendant un certain temps sans administration à l’époque de la guerre civile en raison de la faible population et du manque de rémunération des administrateurs. Il est suggéré qu’un membre du comté (on ne sait pas exactement qui) s’est rendu à Jackson à cheval et a prêté le serment d’office, puis est revenu et a fait sécession du comté de l’État. Une autre version de l’origine du titre est qu’il a été donné au comté par les citoyens des comtés voisins qui vivaient près de la côte du Golfe et le long de la ligne de ce qui est maintenant le chemin de fer Mobile and Ohio, en raison de la liberté totale des citoyens du comté de Jones des règles arbitraires de la société et des contraintes de la mode reconnue ailleurs. Ils allaient à l’église pieds nus, s’habillaient comme bon leur semblait et emportaient leurs armes à feu pour s’en servir au cas où un gibier croiserait leur chemin.
La légende de Newt Knight a généré la plupart des rumeurs entourant « l’État libre de Jones « mais, rumeurs mises à part, les voitures de police d’Ellisville portent encore aujourd’hui ce surnom.