Le djihad de Sokoto et les guerres Yoruba ont stimulé le commerce des esclaves à un moment où les Britanniques essayaient activement de l’arrêter. Les esclaves avaient auparavant été échangés contre des biens européens, en particulier des fusils et de la poudre à canon, mais les Britanniques encourageaient désormais le commerce de l’huile de palme dans les États du delta du Niger, ostensiblement pour remplacer le commerce des esclaves. Ils ont découvert par la suite que la demande d’huile de palme stimulait en fait un commerce d’esclaves interne, car les esclaves étaient en grande partie responsables de la collecte des fruits du palmier, de la fabrication de l’huile de palme et de son transport vers la côte, que ce soit en canoë ou par portage humain. Le commerce de l’huile de palme était également lié au djihad de Sokoto et aux guerres yoruba, car de nombreux guerriers reconnaissaient l’importance des esclaves non seulement en tant que soldats et producteurs de nourriture pour alimenter les soldats, mais aussi en tant que producteurs d’huile de palme à échanger contre des fusils danois européens et d’autres biens.
De nombreux esclaves exportés dans les années 1820 et 30 ont été interceptés par les navires de la Royal Navy, émancipés et déposés en Sierra Leone sous la tutelle des missionnaires. Certains d’entre eux ont commencé à migrer vers la Sierra Leone à la recherche d’un foyer et d’un commerce. Ils ont invité les missionnaires à les suivre et, dans les années 1840, ils se sont mis à disposition en tant qu’agents permettant aux missionnaires et aux commerçants britanniques d’accéder à des endroits tels que Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass et Bonny. En 1841, les Britanniques tentèrent d’installer quelques Egba dans une ferme modèle à Lokoja, mais le projet avorta en raison du taux de mortalité très élevé parmi les agents européens. C’est aussi en partie pour protéger les Egba que les Britanniques ont bombardé Lagos en 1851, expulsé Kosoko, l’oba régnant, et rétabli son oncle, Akitoye, qui semblait plus disposé à se joindre à une campagne visant à abolir le commerce des esclaves. Les Britanniques annexent Lagos en 1861 afin de protéger le fils et le successeur d’Akitoye, de déjouer la tentative de retour de Kosoko et d’assurer une base pour d’autres activités.
Les Britanniques n’étaient pas encore prêts à assumer les dépenses liées au maintien d’une administration au Nigeria. Pour réduire les coûts, Lagos fut d’abord administrée depuis Freetown en Sierra Leone, ainsi que des forts de la Gold Coast comme Elmina, puis depuis Accra (dans l’actuel Ghana) ; ce n’est qu’en 1886 que Lagos devint une colonie distincte. Un consul était maintenu à Fernando Po pour superviser le commerce lucratif de l’huile de palme dans la région appelée les Oil Rivers. Les missionnaires étaient actifs : Les presbytériens à Calabar et la Church Missionary Society (CMS), les méthodistes et les baptistes à Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo et Ogbomoso. La CMS a ouvert la voie au commerce sur le Niger en encourageant l’explorateur et marchand écossais Macgregor Laird à exploiter un bateau à vapeur mensuel, qui assurait le transport des agents missionnaires et des commerçants sierra-léonais remontant le Niger. C’est ainsi que l’évêque Samuel Ajayi Crowther – né dans la région d’Oshogbo habitée par les Yorubas et premier Africain ordonné par la SMC – a pu établir des stations missionnaires à Onitsha, Lokoja et Eggan, et plus tard à Brass et Bonny.
Dans les années 1870, le commerce du Niger devenait rentable, et quelques entreprises françaises s’en sont aperçues. Des missionnaires catholiques romains français, établis à Ouidah (Whydah), sont arrivés à Lagos et ont envisagé un travail missionnaire sur le Niger. Les Britanniques répondent à ces preuves de rivalité en défendant leur droit à la libre navigation sur le fleuve lors de la Conférence de Berlin sur l’Afrique de l’Ouest de 1884-85. À la même époque, George Dashwood Goldie, un homme d’affaires britannique, rachète tous les rivaux français et crée la Royal Niger Company (charte 1886) afin de contrôler le commerce sur le Niger et d’administrer les immenses territoires du califat de Sokoto et du Borno. En outre, deux autres protectorats sont déclarés, l’un sur les Oil Rivers et l’autre sur l’arrière-pays de Lagos, afin d’établir une revendication selon laquelle ces zones étaient également des « sphères d’intérêt » britanniques. »
Les frontières des deux protectorats et des territoires de la Royal Niger Company sont difficiles à définir, mais la tension est apaisée en 1894 lorsque les deux entités sont fusionnées dans le Protectorat de la Côte du Niger. La rivalité entre la Compagnie royale du Niger et le Protectorat de Lagos au sujet de la frontière entre l’émirat d’Ilorin et l’empire d’Ibadan a été résolue avec l’abrogation de la charte de la Compagnie royale du Niger le 1er janvier 1900, en échange de larges concessions minières.
Dans le nord, Frederick Lugard, le premier haut-commissaire du nord du Nigeria, a contribué à soumettre les émirs peuls. Certains ont été déposés, d’autres ont été vaincus au combat, d’autres encore ont collaboré. En 1903, la conquête des émirats est terminée. La ville de Kano, aux murs de boue, est capturée en février et, après une vigoureuse escarmouche à Kotorkwashi, la capitale du sultan, Sokoto, tombe le mois suivant. Tous les territoires étaient désormais sous contrôle britannique, et la recherche d’une identité commença, d’abord en tant que Nigeria du Nord et du Sud, puis avec une éventuelle fusion.
La pénétration britannique au Nigeria se heurta à diverses formes de résistance dans tout le pays. Dans le sud, les Britanniques doivent mener de nombreuses guerres, notamment celles contre les Ijebu (un groupe yoruba) en 1892, les Aro de l’est de l’Igboland et, jusqu’en 1914, les Aniocha de l’ouest de l’Igboland. Dans le nord, de nombreux émirats n’ont pas entrepris d’action militaire, mais le calife déchu, Atahiru I, s’est rebellé en 1903. De nombreux musulmans ont eu recours à la migration comme forme de résistance, une tactique connue sous le nom de hejira, dans laquelle ceux qui sont perçus comme des infidèles sont évités.
La résistance était forte dans l’ouest de l’Igboland, où une série de guerres ont été menées contre les Britanniques. Les Ekumeku, qui étaient bien organisés et dont les chefs étaient liés par des serments de secret, utilisaient efficacement des tactiques de guérilla pour attaquer les Britanniques. Leurs forces, composées de centaines de jeunes Igbo venus de toute la région, ont créé de nombreux problèmes aux Britanniques, mais ces derniers ont utilisé des tactiques énergiques et des armements lourds (détruisant des maisons, des fermes et des routes) pour l’emporter. L’Ekumeku, cependant, est devenu une grande source de nationalisme Igbo.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola