Youssef est né en Égypte, où il est devenu chrétien, et a vécu au Liban et en Australie avant de s’installer aux États-Unis. Pendant son séjour en Australie, Youssef a étudié au Moore Theological College de Sydney, a été ordonné ministre et a rencontré sa femme, Elizabeth.
Les Youssef ont immigré aux États-Unis en 1977, et en 1984, Youssef est devenu citoyen américain. Il a obtenu des diplômes supplémentaires au Fuller Theological Seminary en Californie et à l’Université Emory en Géorgie.
Youssef a travaillé pendant près de 10 ans avec l’Institut Haggai, voyageant dans le monde entier et donnant des cours d’évangélisation et de direction d’église aux responsables d’église. Il a fondé l’Église des Apôtres en 1987. Il est l’auteur de plus de 35 livres, dont The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi, et Jesus, Jihad and Peace.
Youssef a fondé Leading The Way en 1988, un ministère à Atlanta, en Géorgie, dont l’objectif est d’atteindre les musulmans du Moyen-Orient. Il est également le pasteur fondateur de l’Église des Apôtres d’Atlanta.
Youssef et sa femme vivent à Atlanta et ont quatre enfants adultes et huit petits-enfants.