Partie IEdit
Le matin du 14 décembre 1997, Trudy Monk discute avec Adrian de la difficulté de lui cacher des secrets. Elle l’interroge sur sa dernière enquête, la disparition d’une sage-femme nommée Wendy Stroud. Monk remarque un cadeau sous leur arbre de Noël, mais Trudy lui demande de ne pas l’ouvrir avant le jour de Noël. Monk remarque qu’elle semble nerveuse. Plus tard dans la journée, Trudy se rend à un rendez-vous avec quelqu’un dans un parking à étages, mais elle panique lorsqu’un homme à six doigts qui l’observait sort de l’ombre. Trudy retourne à sa voiture, qui explose lorsqu’elle tourne la clé.
Monk et le capitaine Stottlemeyer interrogent le docteur Malcolm Nash (Ed Begley Jr), directeur du centre de naissance Palgrove où travaillait Stroud. Stottlemeyer reçoit un appel téléphonique et informe Monk que Trudy a été tuée.
Au présent, en 2009, Monk se réveille et voit une vision de Trudy devant lui, lui disant qu’il est temps pour lui de lui dire au revoir et de dormir au milieu du lit, et que « ce ne sera plus très long ». Lorsque Monk en discute plus tard dans la journée avec son assistante Natalie Teeger, il découvre que leur dernière affaire les ramène dans la même clinique d’accouchement où il s’était rendu 12 ans auparavant. Bien que Stottlemeyer lui propose de ne pas s’occuper de l’affaire, Monk insiste pour dire qu’il va bien. Le duo apprend que le Dr Nash a été abattu alors qu’il était en train de numériser des dossiers de patients. Monk en conclut que le meurtre a été commis par un tueur à gages professionnel, et la police trouve bientôt une empreinte digitale partielle qui identifie le suspect comme étant Joey Kazarinski (John Edward Lee). Cherchant à obtenir un mandat d’arrêt auprès du juge Ethan Rickover (Craig T. Nelson), le groupe entend Rickover dire à sa femme qu’il ne quittera jamais sa maison, apprenant qu’il a été nommé à la Cour suprême de l’État.
Cette nuit-là, Kazarinski reçoit un appel téléphonique de son employeur, qui lui ordonne de tuer Monk ; lorsqu’il demande pourquoi il doit le faire, son employeur déclare qu’ils ont tué Trudy. Le lendemain, lors d’un dîner chez Natalie, Monk tombe malade. À l’hôpital, le Dr Matthew Shuler (D.B. Woodside), hématologue, découvre que Monk a été empoisonné avec une puissante toxine synthétique à base de ricin. Comme personne d’autre n’est tombé malade, toute la nourriture et les autres consommables de la maison de Natalie doivent être testés. Shuler déclare qu’ils ne peuvent pas créer l’antidote sans savoir quelle forme du poison a été utilisée. Monk mourra dans les 2 à 3 jours s’il n’est pas traité.
Après que Natalie ait admis avoir rencontré Kazarinski sans le savoir dans un supermarché quelques heures avant que Monk ne soit empoisonné, Stottlemeyer forme un groupe de travail officieux au sein de la police de San Francisco – Disher dirige une moitié pour découvrir qui a engagé le tueur à gages pour tuer le Dr Nash, tandis que Stottlemeyer dirige l’autre moitié pour trouver le tueur à gages afin de découvrir quel poison il a utilisé sur Monk. Le groupe retrouve Kazarinski dans une gare, mais celui-ci aperçoit un policier en civil et s’enfuit. Kazarinski est percuté par un train de marchandises et tué.
Monk rend visite au docteur Neven Bell (Héctor Elizondo) pour parler de tout ce qui s’est passé ces derniers jours, puis part régler ses affaires avant sa mort. Monk rentre chez lui et se décide enfin à ouvrir le cadeau de sa femme, un enregistrement vidéo réalisé par Trudy, qui révèle qu’elle a réussi à lui cacher un secret, un terrible secret datant de plusieurs années avant leur rencontre.
Partie IIEdit
Monk apprend que Trudy a eu une liaison avec Rickover lorsqu’il était professeur de droit à Berkeley. Elle est tombée enceinte et a donné naissance à une petite fille qui est morte en quelques minutes. Elle révèle ensuite que dix ans après la liaison, Rickover, alors nommé à la cour d’appel, l’a appelée à l’improviste pour lui donner rendez-vous dans un parking, mais qu’elle est devenue nerveuse à cause du ton sinistre de sa voix et du fait que Stroud, la femme qui avait disparu au moment de l’appel, avait participé à l’accouchement. Trudy soupçonnait que Rickover pourrait faire taire tous ceux qui étaient au courant de la liaison, elle a donc réalisé la vidéo au cas où.
Malgré les efforts de Natalie pour le dissuader, Monk affronte Rickover lors de son audience de confirmation pour le poste de juge de la cour suprême de l’État. Lorsqu’il n’avoue pas et commence à insulter la stabilité mentale de Monk et de Trudy, Monk l’attaque et doit être escorté par des gardes. Ramené à l’hôpital, Monk reçoit la visite de Stottlemeyer et Randy, qui lui apprennent que les relevés téléphoniques montrent plusieurs appels entre lui et le Dr Nash. Monk se souvient alors de la conversation entre Rickover et sa femme au sujet de sa maison, et en déduit qu’un indice crucial y est lié. Dans l’appartement de Monk, alors qu’il range ses affaires dans des sacs en plastique transparent, Natalie présente les mêmes symptômes que Monk. Elle comprend que le poison a été placé dans les lingettes de Monk ; l’hôpital reçoit cette information pour fabriquer un antidote. Cependant, Monk endort le garde qui le protège, vole son arme et s’en va.
Dans la maison de Rickover, le groupe voit Monk forcer Rickover sous la menace d’une arme à creuser à un endroit situé devant son cadran solaire. Monk déclare que les restes de la sage-femme disparue sont enterrés là. Une fois les restes déterrés, Rickover admet avoir commis les meurtres pour s’assurer d’obtenir le poste de juge d’appel. Il y a douze ans, Wendy Stroud avait trouvé la religion et dit à Rickover qu’elle avait l’intention de révéler à la presse sa liaison avec Trudy et leur enfant, le forçant à la tuer et à l’enterrer dans son jardin, ce qui explique pourquoi il a refusé de déménager. Rickover a également été contraint de tuer Trudy, car elle était la seule personne à pouvoir faire le lien entre la disparition de Stroud et lui. Douze ans plus tard, le Dr Nash est tombé sur des références à l’enfant en numérisant les dossiers des patients de la clinique d’accouchement, et a donc soupçonné ce qui était arrivé à Stroud. Il tente alors de faire chanter Rickover, qui engage Kazarinski pour le tuer et empoisonner Monk afin qu’il ne puisse pas tout reconstituer. Lorsque Monk lutte contre le poison, Rickover vole l’arme de Monk et se suicide.
Quelques jours plus tard, Monk, ayant récupéré, réfléchit à ce qu’il va faire de lui-même maintenant. En rangeant les affaires de Trudy, Monk trouve un vieil article de journal concernant la disparition de Stroud, et découvre que l’enfant de Trudy n’est pas mort ; Stroud avait secrètement emmené l’enfant à la demande de Rickover et l’avait fait adopter. Stottlemeyer la retrouve. Monk rencontre la fille de Trudy, Molly Evans (Alona Tal), qui ressemble beaucoup à Trudy et qui, comme sa mère, est écrivain et critique de cinéma pour un journal local. Les deux femmes sont heureuses de se rencontrer et de faire connaissance. Pendant ce temps, Stottlemeyer apprend que Disher s’est vu offrir le poste de chef de la police de Summit, dans le New Jersey, et qu’il sort avec l’ancienne infirmière et assistante de Monk, Sharona Fleming.
Lorsque Molly demande à Monk ce qu’il va faire maintenant que le meurtre de Trudy est résolu, il répond qu’il veut prendre sa retraite et suivre Molly partout et documenter sa vie. Molly lui conseille d’utiliser le don qu’il possède pour « aider toutes les Trudy du monde » ; Monk accepte. Alors que Monk se prépare pour une autre journée, ses actions, son discours et son style vestimentaire laissant entendre que ses diverses phobies et obsessions sont désormais largement sous contrôle, il informe Natalie qu’il ira au cinéma avec Molly avant que le couple ne parte pour s’occuper d’une autre affaire, bien que Monk revienne pour vérifier que la cuisinière est éteinte. S’ensuit un montage de clips au cours des huit saisons de la série avant de voir comment le groupe a fini : Disher s’installe confortablement dans son nouveau poste de chef de la police, Stottlemeyer est désormais heureux en ménage avec T. K. (Virginia Madsen), et Monk et Natalie arrivent sur une scène de crime pour s’attaquer à leur prochaine affaire pour Stottlemeyer.