Find sources : « Sonde d’hybridation » – news – journaux – livres – scholar – JSTOR (décembre 2009) (Learn how and when to remove this template message)
En biologie moléculaire, une sonde d’hybridation est un fragment d’ADN ou d’ARN de longueur variable (généralement de 100 à 10000 bases) qui peut être marqué par radioactivité ou par fluorescence. Elle peut ensuite être utilisée dans des échantillons d’ADN ou d’ARN pour détecter la présence de substances nucléotidiques (la cible ARN) qui sont complémentaires à la séquence de la sonde. La sonde s’hybride ainsi à un acide nucléique monocaténaire (ADN ou ARN) dont la séquence de bases permet l’appariement des bases de la sonde et de la cible en raison de la complémentarité entre la sonde et la cible. La sonde marquée est d’abord dénaturée (par chauffage ou dans des conditions alcalines telles que l’exposition à l’hydroxyde de sodium) en ADN simple brin (ADNs), puis hybridée à l’ADNs cible (transfert de Southern) ou à l’ARN cible (transfert de Northern) immobilisé sur une membrane ou in situ.Pour détecter l’hybridation de la sonde à sa séquence cible, la sonde est marquée (ou « étiquetée ») avec un marqueur moléculaire constitué de molécules radioactives ou (plus récemment) fluorescentes ; les marqueurs couramment utilisés sont le 32P (un isotope radioactif du phosphore incorporé dans la liaison phosphodiester de l’ADN de la sonde) ou la digoxigénine, qui est un marqueur non radioactif à base d’anticorps. Les séquences d’ADN ou les transcrits d’ARN qui présentent une similarité de séquence modérée à élevée avec la sonde sont ensuite détectés en visualisant la sonde hybridée par autoradiographie ou d’autres techniques d’imagerie. Normalement, on prend des photos du filtre aux rayons X ou on place le filtre sous une lumière UV. La détection des séquences présentant une similarité modérée ou élevée dépend de la rigueur des conditions d’hybridation appliquées – une rigueur élevée, telle qu’une température d’hybridation élevée et une faible teneur en sel dans les tampons d’hybridation, ne permet que l’hybridation entre des séquences d’acide nucléique très similaires, tandis qu’une faible rigueur, telle qu’une température plus basse et une forte teneur en sel, permet l’hybridation lorsque les séquences sont moins similaires. Les sondes d’hybridation utilisées dans les microréseaux d’ADN font référence à l’ADN fixé de manière covalente à une surface inerte, telle que des lames de verre revêtues ou des puces à gènes, sur laquelle une cible d’ADNc mobile est hybridée.
Selon la méthode, la sonde peut être synthétisée par la méthode du phosphoramidite, ou elle peut être générée et marquée par amplification PCR ou clonage (les deux sont des méthodes plus anciennes). Afin d’augmenter la stabilité in vivo de la sonde, l’ARN n’est pas utilisé. Au lieu de cela, des analogues de l’ARN peuvent être utilisés, en particulier des dérivés de la morpholine. Les sondes moléculaires basées sur l’ADN ou l’ARN sont maintenant couramment utilisées dans le criblage de bibliothèques de gènes, la détection de séquences nucléotidiques avec des méthodes de blotting, et dans d’autres technologies génétiques, telles que les microréseaux d’acides nucléiques et de tissus.