À leur arrivée à Animal Junction, les frères Kratt (Chris et Martin Kratt) se penchent par la fenêtre et appellent Zoboomafoo (ou « Zoboo » en abrégé, et occasionnellement « Zob »), montré dans un segment en direct comme un véritable lémurien (Jovian) qui bondit à travers un champ pour les rejoindre. Lorsque le lémurien atteint Animal Junction, il ne parle pas aux frères Kratt tant qu’ils ne lui ont pas donné une collation, généralement de la nourriture appropriée aux lémuriens, comme des haricots garbanzo, des patates douces ou des tranches de mangue. Une fois qu’il a fini de manger, il rote en disant « Excusez-moi », puis tourne sur un plateau tournant en criant « Zoboomafoo-oo-oo-oo ». Il entame ensuite la partie principale de l’épisode en décrivant un « Mangatsika ! » (un mot malgache qui signifie littéralement : « la vie »). (un mot malgache signifiant littéralement « froid », mais utilisé dans la série pour signifier « cool ») qu’il a vu sur son chemin vers Animal Junction. Pendant qu’il décrit l’animal, une chanson est jouée, « Who Could It Be ? », tandis qu’un dessin animé montre les caractéristiques de « l’animal mystère ». À la fin de la chanson, Chris et Martin essaient de deviner l’animal que Zoboo a décrit et le mystère est révélé lorsque le ou les animaux arrivent à Animal Junction.
Chaque épisode a un thème. Par exemple, les bébés animaux, les animaux effrayants ou l’importance du jeu. L’arrivée de « l’animal mystère », généralement utilisé comme exposition, conduit Zoboo, Chris et Martin à une conversation sur l’animal. Au moins une fois par épisode (deux fois dans la plupart des épisodes), Zoboo dit qu’un événement à Animal Junction lui rappelle un moment à Zobooland, où il raconte des histoires sur ses meilleurs amis de Zobooland, comme Narchi (une créature ressemblant à un fourmilier), Gooble (une créature semblable à un ours qui mange des goobleberries), Sensit (un lémurien qui s’amuse généralement), Wiggy Waxwing (une créature semblable à un oiseau qui aime chanter et manger des nouilles), Green Puppy (un chiot vert comme son nom l’indique), Slimantha (une créature ressemblant à une salamandre), Noggin Drill (une créature ressemblant à une taupe qui utilise sa corne en forme de foret), Snow Lemur (un lémurien qui vit sur une montagne), Baby Zoboomafooasaurus et Mama Zoboomafooasaurus (des dinosaures, qui apparaissent en images de synthèse et sur lesquels les animaux jouent souvent), Buggly (un insecte sur lequel Zoboo monte), Fibby (une créature marine composée de plusieurs parties, dont un tentacule et une patte de crabe) et Cy (un calmar borgne en lévitation introduit dans la deuxième saison). Ces segments sont animés, à l’aide d’une animation en argile, et comportent des voix distinctes pour chaque personnage.
Après la première histoire de Zobooland, Zoboo, Chris et Martin reçoivent une lettre des Animal Helpers (Jackie dans la première saison et Amy dans la deuxième), qui montrent aux enfants comment aider les animaux. Cela conduit Chris et Martin à aller rendre visite à des créatures liées au thème, en commençant toujours par la chanson « Going to the Closet » interprétée par Zoboo (et parfois les personnages de Zobooland). À la fin de chaque épisode, Zoboo et les frères signent en chantant « Animal Friends », une chanson qui explique pourquoi les animaux sont les amis de tous, bien qu’ils soient d’espèces différentes. Enfin, Zoboo redevient un lémurien normal et retourne chez lui à Madagascar. Chris et Martin quittent également Animal Junction pour mieux démontrer le thème du jour, en voyageant dans une région, souvent en Inde ou en Afrique, pour rendre visite aux créatures qui s’y trouvent.
Avant le générique de chaque épisode, des enfants montrent et racontent aux téléspectateurs divers animaux et animaux de compagnie qu’ils ont, et un avertissement est diffusé pour dire aux téléspectateurs qu’ils doivent faire attention aux animaux qu’ils rencontrent. Puis Chris et Martin mentionnent des faits sur les animaux qui conduisent Zoboo à une blague. Exemple : « Knock knock. Qui est là ? Une panthère. Panthère qui ? Panthère sans pantalon, je vais me baigner ! ». La clause de non-responsabilité et la blague ont été supprimées pour les diffusions hors PBS (à l’exception des visionnages à la demande et de PBS Kids Sprout).