De Confederatie van Onafhankelijke Systemen werd voor het eerst getoond in Attack of the Clones. Deze beweging, geleid door kanselier Palpatine, kreeg steun en had al snel steun van duizenden zonnestelsels. De Galactische Republiek vreesde dat er een oorlog zou uitbreken. Graaf Dooku en de Separatistische leiders maakten zich klaar voor een oorlog. Nute Gunray, leider van de Handelsfederatie, gaf duizenden gevechtsdroids aan het Separatistische leger. Andere leiders, zoals Poggle the Lesser en San Hill, gaven geld en droids aan de Separatistische zaak. Op de planeet Geonosis, ontmoette Count Dooku de leiders van machtige bedrijven. Graaf Dooku gaf zijn aanbod en de Confederatie van Onafhankelijke Systemen werd gevormd. De Jedi Obi-Wan Kenobi luisterde de vergadering af en stuurde een waarschuwing naar de Republiek. De Republiek stuurde een nieuw kloon leger om de strijd aan te binden met de gevechts droids. Deze strijd op Geonosis begon de Kloon Oorlog. De Geonosiaanse Aartshertog Poggle de Mindere geeft de plannen van een nieuw wapen aan Graaf Dooku. Graaf Dooku verlaat de planeet en gaat naar Coruscant. Hij geeft de plannen aan Darth Sidious en vertelt hem dat de oorlog is begonnen.