De Sokoto jihad en de Yoruba oorlogen stimuleerden de slavenhandel op een moment dat de Britten actief probeerden deze te stoppen. Vroeger werden de slaven verhandeld voor Europese goederen, vooral geweren en buskruit, maar nu stimuleerden de Britten de handel in palmolie in de Niger-delta staten, ogenschijnlijk ter vervanging van de slavenhandel. Later ontdekten zij dat de vraag naar palmolie in feite een interne slavenhandel stimuleerde, omdat slaven grotendeels verantwoordelijk waren voor het verzamelen van palmvruchten, het vervaardigen van palmolie en het vervoer ervan naar de kust, hetzij per kano, hetzij door menselijke dragers. De palmoliehandel werd ook in verband gebracht met de Sokoto jihad en de Yoruba oorlogen, omdat veel krijgers het belang inzagen van slaven, niet alleen als soldaten en producenten van voedsel om de soldaten te voeden, maar ook als producenten van palmolie om te ruilen tegen Europese dane geweren en andere goederen.
Veel van de in de jaren 1820 en ’30 geëxporteerde slaven werden onderschept door de schepen van de Royal Navy, geëmancipeerd en onder voogdij van missionarissen in Sierra Leone gedeponeerd. Sommigen begonnen uit Sierra Leone terug te migreren op zoek naar huis en handel. Zij nodigden missionarissen uit hen te volgen en stelden zich in de jaren 1840 beschikbaar als agenten die missionarissen en Britse handelaren toegang verschaften tot plaatsen als Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass, en Bonny. In 1841 probeerden de Britten een aantal Egba te vestigen op een modelboerderij in Lokoja, maar het plan werd afgeblazen omdat het sterftecijfer onder de Europese ambtenaren zo hoog was. Het was ook deels om de Egba te beschermen dat de Britten Lagos in 1851 beschoten, Kosoko, de regerende oba, verdreven en zijn oom, Akitoye, in ere herstelden, die meer bereid bleek om mee te werken aan een campagne om de slavenhandel af te schaffen. De Britten annexeerden Lagos in 1861 om Akitoye’s zoon en opvolger te beschermen, Kosoko’s poging tot terugkeer te verijdelen en een basis voor verdere activiteiten veilig te stellen.
De Britten waren nog niet bereid de kosten van het onderhouden van een bestuur in Nigeria op zich te nemen. Om de kosten te drukken, werd Lagos eerst bestuurd vanuit Freetown in Sierra Leone, samen met forten aan de Goudkust zoals Elmina, en later vanuit Accra (in het huidige Ghana); pas in 1886 werd Lagos een aparte kolonie. Er bleef een consul in Fernando Po om toezicht te houden op de lucratieve palmoliehandel in de regio die de Oil Rivers werd genoemd. Missionarissen waren actief: Presbyterianen in Calabar en de Church Missionary Society (CMS), Methodisten, en Baptisten in Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo, en Ogbomoso. De CMS pionierde de handel op de Niger door de Schotse ontdekkingsreiziger en koopman Macgregor Laird aan te moedigen een maandelijkse stoomboot te exploiteren, die vervoer verschafte aan missieagenten en Sierra Leoneese handelaars die de Niger op gingen. Op deze manier kon bisschop Samuel Ajayi Crowther – geboren in het door de Yoruba bewoonde gebied van Oshogbo en de eerste door de CMS gewijde Afrikaan – missieposten stichten in Onitsha, Lokoja en Eggan en later in Brass en Bonny.
Tegen de jaren 1870 werd de Niger-handel winstgevend en een paar Franse bedrijven namen er nota van. Franse rooms-katholieke missionarissen, gevestigd in Ouidah (Whydah), arriveerden in Lagos en overwogen missiewerk op de Niger. De Britten reageerden op dergelijke tekenen van rivaliteit door hun recht op vrije vaart op de rivier te verdedigen op de Berlijnse West-Afrika Conferentie van 1884-85. Terzelfder tijd kocht de Britse zakenman George Dashwood Goldie alle Franse rivalen uit en richtte hij de Royal Niger Company op (charter 1886) om de handel op de Niger te controleren en de immense gebieden van het kalifaat van Sokoto en Borno te besturen. Bovendien werden twee andere protectoraten uitgeroepen, één over de Oil Rivers en één over het achterland van Lagos, om aanspraak te kunnen maken op het feit dat deze gebieden ook Britse “belangengebieden” waren.
De grenzen van de twee protectoraten en het grondgebied van de Royal Niger Company waren moeilijk af te bakenen, maar de spanning werd in 1894 weggenomen toen beide entiteiten werden samengevoegd tot het Niger Coast Protectorate. De rivaliteit tussen de Royal Niger Company en het Lagos Protectoraat over de grens tussen het emiraat Ilorin en het rijk Ibadan werd opgelost met de intrekking van het handvest van de Royal Niger Company op 1 januari 1900, in ruil voor ruime mineraalconcessies.
In het noorden speelde Frederick Lugard, de eerste hoge commissaris van Noord Nigeria, een belangrijke rol bij de onderwerping van de Fulani emirs. Sommigen werden afgezet, anderen werden verslagen in de strijd en weer anderen werkten mee. Tegen 1903 was de verovering van de emiraten compleet. De met modder ommuurde stad Kano werd in februari veroverd, en na een hevige schermutseling bij Kotorkwashi viel de hoofdstad van de sultan, Sokoto, de volgende maand. Alle gebieden stonden nu onder Brits gezag en de zoektocht naar een identiteit begon, eerst als Noord- en Zuid-Nigeria en later met een uiteindelijke samensmelting.
De Britse penetratie van Nigeria stuitte in het hele land op verschillende vormen van verzet. In het zuiden moesten de Britten vele oorlogen voeren, met name de oorlogen tegen de Ijebu (een Yoruba-groep) in 1892, de Aro van oostelijk Igboland, en, tot 1914, de Aniocha van westelijk Igboland. In het noorden ondernamen veel emiraten geen militaire actie, maar de afgezette kalief, Atahiru I, kwam in 1903 in opstand. Veel moslims namen hun toevlucht tot migratie als vorm van verzet, een tactiek die bekend staat als de hejira, waarbij degenen die als ongelovigen worden beschouwd worden gemeden.
Het verzet was sterk in West-Igboland, waar een reeks oorlogen werd gevoerd tegen de Britten. De Ekumeku, die goed georganiseerd waren en wier leiders zich aan geheimhoudingseed hielden, maakten effectief gebruik van guerrillatactieken om de Britten aan te vallen. Hun strijdkrachten, die bestonden uit honderden Igbo-jongeren uit alle delen van de regio, stelden de Britten voor veel problemen, maar de Britten gebruikten een krachtige tactiek en zware bewapening (vernielden huizen, boerderijen en wegen) om de overhand te krijgen. De Ekumeku werden echter een grote bron van Igbo-nationalisme.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola