De militaire inmenging zou in oktober 1932 beginnen. De “oorlog” werd gevoerd onder bevel van majoor G.P.W. Meredith van de Zevende Zware Batterij van de Koninklijke Australische Artillerie, waarbij Meredith het bevel voerde over soldaten sergeant S. McMurray en kanonnier J. O’Halloran, bewapend met twee Lewisgeweren en 10.000 patronen. De operatie werd echter vertraagd door een periode van regenval die ervoor zorgde dat de emoes zich over een groter gebied verspreidden. Op 2 november 1932 hield de regen op, waarna de troepen werden ingezet met de opdracht de boeren te helpen en, volgens een krantenbericht, 100 emoehuiden te verzamelen zodat hun veren konden worden gebruikt om hoeden voor lichte ruiters te maken.
Eerste poging
Op 2 november trokken de manschappen naar Campion, waar zo’n 50 emoes werden waargenomen. Omdat de vogels buiten het bereik van de kanonnen waren, probeerden de plaatselijke kolonisten de emoes in een hinderlaag te drijven, maar de vogels splitsten zich op in kleine groepen en renden weg, zodat ze moeilijk te raken waren. Hoewel de eerste beschieting met machinegeweren niet doeltreffend was vanwege de reikwijdte, kon een tweede ronde geweervuur “een aantal” vogels doden. Later op dezelfde dag werd een kleine zwerm getroffen, en “misschien een dozijn” vogels werden gedood.
De volgende belangrijke gebeurtenis was op 4 november. Meredith had een hinderlaag opgezet bij een plaatselijke dam, en er werden meer dan 1000 emoes gezien die op hun positie afkwamen. Deze keer wachtten de schutters tot de vogels dichtbij waren alvorens het vuur te openen. Het geweer blokkeerde nadat slechts twaalf vogels waren gedood en de rest verspreidde zich voordat er nog meer konden worden neergeschoten. Er werden die dag geen vogels meer gezien.
In de dagen die volgden, koos Meredith ervoor om verder naar het zuiden te trekken, waar de vogels “naar verluidt tam” waren, maar er was slechts beperkt succes ondanks zijn inspanningen. Op de vierde dag van de campagne merkten legerwaarnemers op dat “elke roedel nu zijn eigen leider schijnt te hebben – een grote zwartgepluimde vogel van 2 meter hoog die de wacht houdt terwijl zijn makkers hun vernietigingswerk doen en hen waarschuwt voor onze nadering”. Op een gegeven moment ging Meredith zelfs zo ver om een van de kanonnen op een vrachtwagen te monteren, een zet die ineffectief bleek te zijn, omdat de vrachtwagen niet in staat was om de vogels te overmeesteren, en de rit was zo ruw dat de schutter niet in staat was om een schot af te vuren. Op 8 november, zes dagen na het eerste treffen, waren er 2500 kogels afgevuurd. Het aantal gedode vogels is onzeker: één verslag schat dat het 50 vogels waren, maar andere verslagen variëren van 200 tot 500, waarbij het laatste cijfer door de kolonisten werd gegeven. Merediths officiële rapport vermeldde dat zijn mannen geen slachtoffers hadden gemaakt.
Ornitholoog Dominic Serventy gaf een samenvatting van de slachtingen:
De dromen van de mitrailleurs om met scherp te schieten op een opeengepakte massa Emu’s werden al snel vervlogen. Het Emu-commando had duidelijk opdracht gegeven tot guerrillatactieken, en het logge leger viel al snel uiteen in ontelbare kleine eenheden die het gebruik van de militaire uitrusting onrendabel maakten. Een ontredderde veldmacht trok zich daarom na ongeveer een maand terug uit het strijdgebied.
Op 8 november bespraken leden in het Australische Huis van Afgevaardigden de operatie. Na de negatieve berichtgeving over de gebeurtenissen in de lokale media, waarin onder meer werd beweerd dat “slechts enkele” emoes waren omgekomen, trok Pearce op 8 november de militairen en de geweren terug.
Na de terugtrekking vergeleek majoor Meredith de emoes met Zoeloes en gaf commentaar op de opvallende wendbaarheid van de emoes, zelfs als ze zwaargewond waren.
Als we een militaire divisie hadden met de kogelslurpende capaciteit van deze vogels, zou die elk leger ter wereld aankunnen … Ze kunnen machinegeweren aan met de onkwetsbaarheid van tanks. Ze zijn als Zoeloes die zelfs met dum-dum kogels niet te stoppen zijn.
Tweede poging
Na de terugtrekking van het leger gingen de aanvallen van de emoes op de gewassen door. Boeren vroegen opnieuw om steun, onder verwijzing naar het warme weer en de droogte, waardoor emoes met duizenden tegelijk de boerderijen binnenvielen. James Mitchell, de Premier van West-Australië verleende zijn krachtige steun aan de verlenging van de militaire bijstand. Tegelijkertijd werd een rapport van de commandant van de basis gepubliceerd waaruit bleek dat bij de eerste operatie 300 emoes waren gedood.
Naar aanleiding van de verzoeken en het rapport van de commandant van de basis, keurde de minister van Defensie op 12 november een hervatting van de militaire inspanningen goed. Hij verdedigde het besluit in de Senaat en legde uit waarom de militairen nodig waren om de ernstige landbouwbedreiging van de grote emoe-populatie te bestrijden. Hoewel het leger ermee had ingestemd de geweren uit te lenen aan de West-Australische regering in de verwachting dat deze voor de nodige mensen zou zorgen, werd Meredith opnieuw in het veld ingezet vanwege een kennelijk gebrek aan ervaren mitrailleurs in de staat.
Ter plaatse gekomen op 13 november 1932, boekten de militairen de eerste twee dagen enig succes, met ongeveer 40 gedode emoes. De derde dag, 15 november, bleek veel minder succesvol, maar tegen 2 december doodden de soldaten ongeveer 100 emoes per week. Meredith werd op 10 december teruggeroepen, en in zijn rapport claimde hij 986 doden met 9.860 kogels, met een snelheid van precies 10 kogels per bevestigde dode. Bovendien beweerde Meredith dat 2.500 gewonde vogels waren gestorven ten gevolge van de verwondingen die zij hadden opgelopen. In een artikel in de Coolgardie Miner van 23 augustus 1935 werd het succes van de slachting geëvalueerd met de opmerking dat, hoewel het gebruik van machinegeweren “van vele zijden was bekritiseerd, de methode doeltreffend was gebleken en wat er van het graan over was, had gered”.