Een endoskelet is een skelet dat zich aan de binnenkant van een lichaam bevindt. Het endoskelet ontwikkelt zich binnen de huid of in de diepere lichaamsweefsels. Het endoskelet van gewervelde dieren bestaat in wezen uit twee soorten weefsels (bot en kraakbeen). Tijdens de vroege embryonale ontwikkeling is het endoskelet opgebouwd uit de notochorda en het kraakbeen. Bij de meeste gewervelde dieren wordt de notochorda vervangen door de wervelkolom en bij de meeste volwassenen wordt het kraakbeen vervangen door bot. In drie fyla en één subklasse van dieren worden endoskeletten van uiteenlopende complexiteit aangetroffen: Chordata, Echinodermata, Porifera, en Coleoidea. Een endoskelet kan louter ter ondersteuning dienen (zoals bij sponzen), maar dient vaak ook als bevestigingspunt voor spieren en als mechanisme voor het overbrengen van spierkrachten. Een echt endoskelet is afgeleid van mesodermaal weefsel. Een dergelijk skelet komt voor bij stekelhuidigen en chordaten. Het poriferische “skelet” bestaat uit microscopisch kleine kalk- of kiezelhoudende spicules of uit een sponzen netwerk. De Coleoidae hebben geen echt endoskelet in evolutionaire zin; daar is een exoskelet van een weekdier geëvolueerd tot verschillende soorten inwendige structuren, waarvan het “ruggengraat” van inktvissen de bekendste is. Toch hebben zij kraakbeenweefsel in hun lichaam, ook al is het niet gemineraliseerd, vooral in het hoofd, waar het een primitieve schedel vormt. Het endoskelet geeft vorm, steun en bescherming aan het lichaam en verschaft een middel tot voortbeweging.
