INLEIDINGHematoxyline- en eosinekleuring (H&E) wordt al minstens een eeuw gebruikt en is nog steeds essentieel voor het herkennen van verschillende weefseltypes en de morfologische veranderingen die aan de basis liggen van de hedendaagse kankerdiagnose. De kleuring is vele jaren onveranderd gebleven omdat zij goed werkt met een verscheidenheid van fixatieven en een breed scala van cytoplasmatische, nucleaire en extracellulaire matrixkenmerken laat zien. Hematoxyline heeft een diep blauw-paarse kleur en kleurt nucleïnezuren door een complexe, onvolledig begrepen reactie. Eosine is roze en kleurt niet-specifiek eiwitten aan. In een typisch weefsel zijn de kernen blauw gekleurd, terwijl het cytoplasma en de extracellulaire matrix in variërende mate roze gekleurd zijn. Goed gefixeerde cellen vertonen aanzienlijke intranucleaire details. De kernen vertonen per celtype en kankertype verschillende patronen van condensatie van heterochromatine (hematoxyline-kleuring) die diagnostisch van groot belang zijn. Nucleoli worden gekleurd met eosine. Als er overvloedige polyribosomen aanwezig zijn, heeft het cytoplasma een duidelijke blauwe gloed. De Golgi-zone kan voorzichtig worden geïdentificeerd door de afwezigheid van kleuring in een gebied naast de kern. De kleuring onthult dus overvloedige structurele informatie, met specifieke functionele implicaties. Een beperking van de hematoxyline-kleuring is dat zij onverenigbaar is met immunofluorescentie. Het is echter nuttig om één seriële paraffineparaffinedoorsnede te kleuren van een weefsel waarin immunofluorescentie zal worden uitgevoerd. Hematoxyline, meestal zonder eosine, is nuttig als tegenkleuring voor vele immunohistochemische of hybridisatieprocedures die colorimetrische substraten gebruiken (zoals alkalische fosfatase of peroxidase). Dit protocol beschrijft H&E kleuring van weefsel en celsecties.