Indicatorsoorten zijn planten en dieren die door hun aanwezigheid, abundantie, gebrek aan abundantie, of chemische samenstelling een onderscheidend aspect van het karakter of de kwaliteit van een omgeving laten zien.
Bij voorbeeld, op plaatsen waar metaalrijke mineralen aan het bodemoppervlak voorkomen, kunnen indicatorsoorten van planten worden onderzocht om de patronen van natuurlijk voorkomende verontreiniging te begrijpen, en zij kunnen zelfs een hulpmiddel zijn bij de prospectie naar potentiële ertslichamen. Vaak accumuleren de indicatorplanten grote concentraties metalen in hun weefsels. In het weefsel van indicatorplanten van de mosterdfamilie (Alyssum bertolanii en A. murale) in Rusland zijn nikkelconcentraties tot 10% gevonden, en in de blauwgekleurde latex van Sebertia acuminata van het eiland Nieuw-Caledonië in de Stille Oceaan komt een concentratie van 25% voor. Becium homblei, verwant aan munt, is eveneens belangrijk geweest bij de ontdekking van koperafzettingen in delen van Afrika, waar deze plant alleen voorkomt in bodems die meer dan 0,16 oz/lb (1.000 mg/kg) koper bevatten, omdat hij meer dan 7% koper in de bodem kan tolereren. Zogenaamde kopermossen zijn door goudzoekers gebruikt als botanische indicatoren van oppervlaktemineralen van dit metaal in Scandinavië, Alaska, Rusland en elders.
Planten worden ook gebruikt als indicatoren van serpentijnmineralen, een natuurlijk voorkomend bodembestanddeel dat in grote concentraties het substraat giftig kan maken voor de groei van de meeste planten. De toxiciteit van door serpentijn beïnvloedde bodems wordt meestal veroorzaakt door een onevenwicht in de beschikbaarheid van calcium en magnesium, samen met de aanwezigheid van grote concentraties giftig nikkel, chroom en kobalt, en kleine concentraties kalium, fosfor en stikstof. Serpentijngronden komen veel voor in delen van Californië, waar zij een kenmerkende flora hebben ontwikkeld met een aantal indicatorsoorten, waarvan vele endemisch zijn voor dit habitattype (d.w.z. dat zij nergens anders voorkomen). Een geslacht uit de mosterdfamilie, Streptanthus, telt 16 soorten die endemisch zijn voor serpentijngronden in Californië. Drie soorten hebben een bijzonder smalle verspreiding: Streptanthus batrachopus, S. brachiatus, en S. niger, komen slechts op enkele plaatsen voor. Streptanthus glandulosus, S. hesperidis, en S. polygaloides hebben een bredere verspreiding, maar ook zij zijn beperkt tot serpentijngronden.
Indicatorplanten komen ook voor in veel semi-aride gebieden op seleniumhoudende bodems. Sommige van deze planten kunnen dit element in grote concentraties accumuleren, en ze kunnen giftig zijn voor vee, waarbij ze een syndroom veroorzaken dat bekend staat als “blindelings wankelen” of “alkaliziekte”. De belangrijkste selenium-accumulerende planten in Noord-Amerika behoren tot het geslacht Astragalus, van de peulvruchtenfamilie. Er zijn ongeveer 500 soorten Astragalus in Noord-Amerika, waarvan er 25 tot 15 duizend ppm (delen per miljoen) selenium in het gebladerte kunnen accumuleren. Deze soorten Astragalus kunnen seleniumhoudende chemicaliën in de atmosfeer uitstoten, wat de planten een kenmerkende en onaangename geur geeft.
Soms worden indicatorsoorten gebruikt als maatstaf voor de kwaliteit van habitats of ecosystemen. Zo kunnen dieren met een speciale behoefte aan oerbossen worden gebruikt als indicator voor de integriteit van dat type ecosysteem. Vogels die afhankelijk zijn van oerbossen in Noord-Amerika zijn onder meer de gevlekte uil (Strix occidentalis), de bonte specht (Picoides borealis), het marmeleesbekje (Brachyramphus marmoratus) en de boommarter (Martes americana). Als de oppervlakte en de kwaliteit van het oerbos in een bepaald gebied voldoende is om deze indicatordieren in staat te stellen levensvatbare populaties in stand te houden, suggereert dit iets positiefs over de gezondheid van het grotere, oerbos-ecosysteem. Als daarentegen een voorgesteld plan voor boskap wordt beschouwd als een bedreiging voor de populaties van deze soorten, wijst dit ook op een uitdaging voor de integriteit van het oerbos in het algemeen.
Indicatorsoorten kunnen ook worden gebruikt als maatstaf voor de milieukwaliteit. Veel korstmossoorten zijn bijvoorbeeld zeer gevoelig voor toxische gassen, zoals zwaveldioxide en ozon. Deze “soorten” (eigenlijk zijn korstmossen een symbiose tussen een schimmel en een alg) zijn op veel plaatsen gemonitord om luchtverontreiniging te bestuderen. Ernstige schade aan korstmossen is vooral gebruikelijk in steden met chronische luchtverontreiniging, en in de buurt van grote puntbronnen van giftige gassen, zoals metaalsmelterijen.
Ook ongewervelde waterdieren en vissen zijn vaak onderzocht als indicatoren van de waterkwaliteit en de gezondheid van aquatische ecosystemen. Als op een locatie bijvoorbeeld populaties van zogenaamde “rioolwormen” of tubificidae (Tubificidae) voorkomen, wijst dit er bijna altijd op dat de waterkwaliteit is aangetast door de inbreng van rioolwater of ander zuurstofverbruikend organisch materiaal. De Tubificidae kunnen vrijwel zuurstofloos water verdragen, in tegenstelling tot de meeste dieren in een niet-verontreinigde omgeving, zoals de meivlieg (Ephemeroptera) en de steenvlieg (Plecoptera), die een zuurstofrijke omgeving nodig hebben.
Vaak is het ontbreken van een indicatorsoort een aanwijzing voor milieuverandering of -verontreiniging. Zo kunnen de hierboven genoemde nimfen van steenvliegen, indien afwezig in een stroom waar zij normaal zouden moeten leven, wijzen op een gebrek aan zuurstof of op de aanwezigheid van een verontreinigende stof. Caddisfly larven, meivlieg nimfen, en steenvlieg nimfen worden vaak gebruikt om de waterkwaliteit en de aanwezigheid van zure mijndrainage te evalueren in het westen van Pennsylvania, waar kolenmijnbouw veel voorkomt en invloed kan hebben op nabijgelegen stroomgebieden.
Een ander actueel voorbeeld betreft kikkers en salamanders als indicatorsoorten. Wereldwijd nemen de amfibieënpopulaties af. Hun afname wordt gezien als een indicator van een vervuild milieu. Daarom worden de aantallen amfibieën wereldwijd nauwlettend in de gaten gehouden. In een verwant voorbeeld worden de eieren van bepaalde vogelsoorten getest op de aanwezigheid van organische bestrijdingsmiddelen.
Overheden doen veel onderzoek om nauwkeurig vast te stellen welke planten- en diersoorten kunnen fungeren als verklikkers van bepaalde milieuverontreinigende stoffen. Hierbij toont de indicatorsoort direct de persistentie van gevaarlijke chemicaliën in het milieu aan. Door het gebruik van indicatorsoorten hoopt men potentiële milieuproblemen te kunnen opsporen voordat zij onherroepelijke schade aanrichten.