Jan Żabiński werd geboren in Warschau, als zoon van Józef Żabiński en zijn vrouw Helena née Strzeszewska, die hem de liefde voor dieren bijbracht. Jan sloot zich in 1919 aan bij het ontluikende Poolse leger en nam deel aan de Pools-Sovjetoorlog van 1920, waarvoor hij zijn eerste Kruis van dapperheid kreeg.
In het opnieuw samengestelde soevereine Polen van het interbellum werd Żabiński landbouwingenieur met de doctorsgraad in de zoölogie. Hij werkte aan het Instituut voor Zoölogie en Fysiologie van Dieren van de Universiteit voor Levenswetenschappen van Warschau (SGGW) en ontmoette daar Antonina Erdman, zijn toekomstige vrouw. Hij was medeoprichter van de Warsaw Zoo, en was directeur gedurende een decennium van 1929 tot de Duitse invasie van Polen in 1939. Hij doceerde ook aardrijkskunde aan de privé-hogeschool Kreczmar (pl). In 1937 zag Żabiński toe op de geboorte van “Tuzinka”, de 12e olifant die ooit in gevangenschap werd geboren. Na de bevrijding van Polen in 1945, hervatte hij snel zijn functie als directeur van de dierentuin van Warschau en bleef daar tot maart 1951. Voor zijn reddingswerk voor de Holocaust werd hem in 2008 postuum het Commandeurskruis van de Orde van Polonia Restituta met de Ster toegekend door president Lech Kaczyński. Ook zijn vrouw Antonina kreeg het Commandeurskruis.
Poolse ondergrondse activiteiten
Na de Duitse overname van Warschau in september 1939 werd Żabiński, een directeur van de dierentuin, door het nieuwe nazi-bestuur ook aangesteld als opzichter van de openbare parken. Als werknemer van de gemeente Warschau mocht hij officieel het getto van Warschau betreden, toen het getto in 1940 werd opgericht. Jan en zijn vrouw Antonina begonnen meteen hun vele Joodse vrienden te helpen. Terwijl hij van de gelegenheid gebruik maakte om het getto van Warschau te bezoeken, ogenschijnlijk om de toestand van de flora binnen de gettomuren te inspecteren, onderhield Żabiński het contact met zijn Joodse collega’s en vrienden van vóór de invasie, hielp hen te ontsnappen en onderdak te vinden aan de “Arische” kant van de stad. Onder de vele Joden die hij redde waren beeldhouwster Magdalena Gross met haar echtgenoot Maurycy Paweł Fraenkel, schrijfster Rachela Auerbach, Regina en Samuel Kenigswein met kinderen, Eugenia Sylkes, Marceli Lewi-Łebkowski met familie, Marysia Aszerówna, de familie Keller, professor Ludwik Hirszfeld evenals Leonia en Irena Tenenbaum, echtgenote en dochter van entomoloog Szymon Tenenbaum (omgekomen in het getto), evenals talrijke anderen; van wie de meesten de Holocaust overleefden en hem jaren later nomineerden voor de Righteous Award.
Tijdens de Duitse luchtaanval op Warschau in september 1939 waren veel dierenverblijven leeggehaald en de dierentuinexemplaren naar elders overgebracht. De Żabiński’s besloten de schone hokken, kooien en stallen te gebruiken als schuilplaatsen voor vluchtende Joden. In de loop van drie jaar vonden honderden Joden tijdelijk onderdak in deze verlaten kooien op de oostelijke oever van de rivier de Wisla totdat ze elders een toevluchtsoord vonden. Bovendien werden een tiental Joden ondergebracht in Żabiński’s twee verdiepingen tellende privé-woning op het terrein van de dierentuin. Bij deze gevaarlijke onderneming werd hij geholpen door zijn vrouw, Antonina, een erkend schrijfster, en hun jonge zoon, Ryszard, die de vele ontredderde Joden onder hun hoede verzorgden en in hun behoeften voorzagen. Aanvankelijk betaalde Żabiński uit eigen middelen om de onderhoudskosten te subsidiëren; daarna werd geld ontvangen via Żegota: Raad voor hulp aan Joden.
Als actief lid van de Poolse ondergrondse verzetsbeweging Armia Krajowa (het Thuisleger) in de rang van luitenant, nam Żabiński deel aan de Poolse Opstand van Warschau in augustus en september 1944. Na de onderdrukking ervan werd hij als gevangene naar kampen in Duitsland overgebracht. Zijn vrouw zette hun werk voort en zorgde voor de noden van enkele Joden die achterbleven in de ruïnes van de stad.