Youssef werd geboren in Egypte, waar hij christen werd, en woonde in Libanon en Australië voordat hij naar de Verenigde Staten verhuisde. In Australië studeerde Youssef aan het Moore Theological College in Sydney, werd tot predikant gewijd en ontmoette zijn vrouw Elizabeth.
De Youssefs emigreerden in 1977 naar de Verenigde Staten, en in 1984 werd Youssef Amerikaans staatsburger. Hij behaalde aanvullende graden aan Fuller Theological Seminary in Californië en Emory University in Georgia.
Youssef werkte bijna 10 jaar voor het Haggai Instituut, reisde over de hele wereld en gaf cursussen in evangelisatie en kerkleiderschap aan kerkleiders. Hij stichtte de Kerk van de Apostelen in 1987. Hij heeft meer dan 35 boeken geschreven, waaronder The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi, en Jesus, Jihad and Peace.
Youssef stichtte Leading The Way in 1988, een bediening in Atlanta, Georgia, met een focus op het bereiken van moslims in het Midden-Oosten. Hij is ook de stichtende voorganger van de Church of the Apostles in Atlanta.
Youssef en zijn vrouw wonen in Atlanta en hebben vier volwassen kinderen en acht kleinkinderen.