Deel IEdit
Op de ochtend van 14 december 1997 bespreekt Trudy Monk met Adrian hoe moeilijk het is om geheimen voor hem te bewaren. Ze vraagt hem over zijn laatste onderzoek, de verdwijning van een vroedvrouw genaamd Wendy Stroud. Monk ziet een cadeautje onder de kerstboom, maar Trudy zegt dat hij het pas op eerste kerstdag mag openmaken. Monk merkt op dat ze nerveus lijkt. Later die dag gaat Trudy naar een afspraak met iemand in een parkeergarage, maar raakt in paniek als een man met zes vingers, die haar in de gaten hield, uit de schaduw opduikt. Trudy keert terug naar haar auto, die ontploft als ze de sleutel omdraait.
Monk en Captain Stottlemeyer ondervragen Dr. Malcolm Nash (Ed Begley Jr.), directeur van het Palgrove Birthing Center waar Stroud werkte. Stottlemeyer krijgt een telefoontje en deelt Monk mee dat Trudy is vermoord.
In het heden, 2009, wordt Monk wakker en ziet een visioen van Trudy voor zich, die hem vertelt dat het tijd is om afscheid van haar te nemen en in het midden van het bed te gaan slapen, en dat “het niet veel langer meer zal duren”. Wanneer Monk dit later die dag bespreekt met zijn assistente Natalie Teeger, ontdekt hij dat hun laatste zaak hen terugbrengt naar dezelfde geboortekliniek waar hij 12 jaar geleden ook was. Hoewel Stottlemeyer Monk de kans biedt de zaak uit te zitten, houdt hij vol dat hij in orde is. Het tweetal verneemt dat Dr. Nash is doodgeschoten terwijl hij patiëntendossiers aan het digitaliseren was. Monk concludeert dat de moord werd gepleegd door een professionele huurmoordenaar, en de politie vindt al snel een gedeeltelijke vingerafdruk die de verdachte identificeert als Joey Kazarinski (John Edward Lee). Op zoek naar een arrestatiebevel van rechter Ethan Rickover (Craig T. Nelson), hoort de groep Rickover tegen zijn vrouw zeggen dat hij nooit uit zijn huis zal verhuizen, en verneemt dat hij genomineerd is voor het Hooggerechtshof van de Staat.
Die nacht krijgt Kazarinski een telefoontje van zijn werkgever, die hem opdraagt Monk te vermoorden; als hij vraagt waarom hij dat moet doen, verklaart zijn werkgever dat ze Trudy hadden vermoord. Wanneer hij de volgende dag een etentje bijwoont in Natalie’s huis, wordt Monk ziek. In het ziekenhuis ontdekt hemotoloog Dr. Matthew Shuler (D.B. Woodside) dat Monk is vergiftigd met een krachtig synthetisch toxine gebaseerd op ricine. Omdat niemand anders ziek is geworden, moet al het voedsel en andere verbruiksgoederen in Natalie’s huis worden getest. Shuler zegt dat ze geen tegengif kunnen maken zonder te weten welke vorm van het gif is gebruikt. Monk zal binnen 2-3 dagen sterven als hij niet behandeld wordt.
Als Natalie toegeeft dat ze Kazarinski zonder het te weten heeft ontmoet in een supermarkt, uren voordat Monk werd vergiftigd, vormt Stottlemeyer een onofficiële task force binnen het San Francisco Police Department – Disher leidt de ene helft om uit te vinden wie de huurmoordenaar heeft ingehuurd om Dr. Nash te vermoorden, terwijl Stottlemeyer de andere helft leidt om de huurmoordenaar te vinden om uit te vinden welk gif hij op Monk heeft gebruikt. De groep spoort Kazarinski op in een treinstation, maar hij ziet een undercover politieagent en zet het op een lopen. Kazarinski wordt aangereden door een goederentrein en wordt gedood.
Monk bezoekt Dr. Neven Bell (Héctor Elizondo) om te praten over alles wat er de afgelopen dagen is gebeurd, en vertrekt dan om zijn zaken te regelen voor zijn dood. Monk keert terug naar huis en besluit eindelijk het cadeau van zijn vrouw te openen, een videobandopname gemaakt door Trudy, die onthult dat ze een geheim voor hem heeft weten te bewaren, een vreselijk geheim van jaren voordat ze elkaar ontmoetten.
Deel IIEdit
Monk leert dat Trudy een affaire had gehad met Rickover toen hij rechtenprofessor was aan Berkeley. Ze werd zwanger en beviel van een meisje dat binnen enkele minuten overleed. Dan onthult ze dat tien jaar na de affaire Rickover, op dat moment genomineerd voor het hof van beroep, haar uit het niets belde om een ontmoeting met haar te regelen in een parkeergarage, maar dat ze nerveus werd door de sinistere toon in zijn stem en het feit dat Stroud, de vrouw die verdwenen was op het moment dat het telefoontje werd gepleegd, betrokken was geweest bij de bevalling van het kind. Trudy vermoedde dat Rickover iedereen die van de affaire wist het zwijgen zou willen opleggen, dus maakte ze voor de zekerheid de video.
Ondanks Natalie’s pogingen hem te ontmoedigen, confronteert Monk Rickover tijdens zijn hoorzitting voor het ambt van opperste rechter van de staat. Als hij niet bekent en begint met het beledigen van zowel Monk’s en Trudy’s mentale stabiliteit, valt Monk hem aan en moet worden weggeleid door bewakers. Teruggebracht naar het ziekenhuis, wordt Monk bezocht door Stottlemeyer en Randy, die hem vertellen dat telefoongegevens verschillende gesprekken tussen hem en Dr. Nash aantonen. Monk herinnert zich dan het gesprek tussen Rickover en zijn vrouw over zijn huis, en leidt daaruit af dat een cruciale aanwijzing daarmee verband houdt. In Monk’s appartement, terwijl hij zijn spullen in doorzichtige plastic zakken doet, heeft Natalie dezelfde symptomen als Monk. Ze realiseert zich dat het gif in Monk’s handdoekjes is gestopt; het ziekenhuis krijgt deze informatie om een tegengif te maken. Monk verdooft echter de bewaker die hem beschermt, steelt zijn pistool en vertrekt.
Bij Rickover’s huis ziet de groep hoe Monk Rickover onder schot dwingt te graven op een plek voor zijn zonnewijzer. Monk verklaart dat de overblijfselen van de vermiste vroedvrouw daar begraven liggen. Nadat de resten zijn opgegraven, geeft Rickover toe dat hij de moorden heeft gepleegd om er zeker van te zijn dat hij de positie van rechter in hoger beroep zou krijgen. Twaalf jaar geleden had Wendy Stroud religie gevonden en vertelde Rickover dat ze van plan was de pers te vertellen over zijn affaire met Trudy en hun kind, waardoor hij gedwongen werd haar te vermoorden en te begraven in zijn voortuin, wat verklaart waarom hij weigerde te verhuizen. Rickover werd ook gedwongen Trudy te vermoorden, omdat zij de enige persoon was die Strouds verdwijning met hem in verband kon brengen. Twaalf jaar later stuitte Dr. Nash bij het digitaliseren van de patiëntendossiers van de geboortekliniek op verwijzingen naar het kind, en vermoedde zo wat er met Stroud was gebeurd. Hij probeerde Rickover te chanteren, waardoor Rickover Kazarinski inhuurde om hem te doden en Monk te vergiftigen, zodat hij niet in staat zou zijn alles op een rijtje te zetten. Als Monk tegen het gif vecht, steelt Rickover Monks pistool en pleegt zelfmoord.
Een paar dagen later is Monk hersteld en denkt hij na over wat hij nu met zichzelf zal doen. Terwijl hij Trudy’s spullen inpakt, vindt Monk een oud krantenartikel over de verdwijning van Stroud, en ontdekt dat Trudy’s kind niet is gestorven; Stroud had het kind op Rickovers verzoek stiekem meegenomen en ter adoptie aangeboden. Stottlemeyer spoort haar op. Monk ontmoet Trudy’s dochter, Molly Evans (Alona Tal), die een opvallende gelijkenis met Trudy vertoont en, net als haar moeder, schrijfster is en als filmcriticus voor een plaatselijke krant werkt. De twee zijn blij elkaar te ontmoeten en kennis te maken. Ondertussen komt Stottlemeyer erachter dat Disher de baan van politiechef van Summit, New Jersey, is aangeboden en dat hij verkering heeft met Monk’s voormalige verpleegster en assistente, Sharona Fleming.
Als Molly Monk vraagt wat hij gaat doen nu Trudy’s moord is opgelost, antwoordt hij dat hij met pensioen wil en Molly wil volgen en haar leven wil documenteren. Molly adviseert hem om zijn gave te gebruiken om “alle Trudy’s in de wereld te helpen”; Monk stemt toe. Terwijl Monk zich opmaakt voor een nieuwe dag, met zijn acties, spraak en kledingstijl die impliceren dat zijn verschillende fobieën en obsessies nu grotendeels onder controle zijn, informeert hij Natalie dat hij naar de film zal gaan met Molly voordat het tweetal vertrekt om een andere zaak aan te pakken, hoewel Monk terugkeert om te controleren of de kachel uit is. Er volgt een montage van clips uit de loop van de acht seizoenen van de show voordat we zien hoe de groep is geëindigd: Disher vestigt zich comfortabel in zijn nieuwe baan als politiechef; Stottlemeyer is nu gelukkig getrouwd met T. K. (Virginia Madsen); en Monk en Natalie arriveren op een plaats delict om hun volgende zaak voor Stottlemeyer aan te pakken.