Er is weinig bekend over hoe Jones County aan zijn bijnaam “The Free State of Jones” is gekomen, maar er zijn veel geruchten en theorieën geweest. Een met de steun van publicatie in het Magazine of American History was een artikel geschreven door G. Norton Galloway, historicus van het Zesde Legerkorps, getiteld “A Confederacy within a Confederacy. “Het enige probleem met zijn verhaal is dat er geen autoriteiten worden geciteerd en dat de heer Galloway geen informatie achterliet om contact met hem op te nemen. Hij beweert in zijn artikel dat in het laatste deel van het jaar 1862 een conventie bijeenkwam in Ellisville, Jones County, Mississippi, en een verordening aannam die zich afsplitste van de staat Mississippi en van de Geconfedereerde Staten van Amerika. Hij geeft zelfs de exacte woorden van de verordening: “Overwegende dat de staat Mississippi zich om gerechtvaardigde redenen uit de federale unie heeft teruggetrokken, en dat wij, de burgers van Jones, hetzelfde recht opeisen, omdat wij menen dat onze grieven voldoende zijn vanwege een onrechtvaardige wet van het Congres van de Geconfedereerde Staten van Amerika, die ons dwingt ons naar verre streken te begeven, enzovoort, enzovoort. Dat wij de tot nu toe bestaande unie tussen Jones County en de staat Mississippi verbreken en onze onafhankelijkheid van deze staat en van de Geconfedereerde Staten van Amerika afkondigen—en wij roepen de Almachtige God op om getuige te zijn van deze daad en deze te zegenen.”
Mede door de geringe bevolking van Jones County leek de meerderheid tegen afscheiding van de staat te zijn, en Jones County koos de vermoedelijke anti-secessionist J.D. Powell om Jones te vertegenwoordigen op de Secessie Conventie. Toen er gestemd moest worden, stemde Powell voor de afscheiding. Powell werd opgehangen en zo mishandeld dat hij een tijdlang niet durfde terug te keren naar de county.
Jones County stuurde troepen naar de Confederatie. Drie volledige compagnieën en een groot deel van nog eens vier werden aan haar grenzen gevormd. Sommigen deserteerden en keerden terug naar Jones County met de bewering dat zij niet wilden vechten voor de rijke mannen terwijl zij zich thuis vermaakten. In het laatste deel van 1862 werd de beroemde “Newt Knight Company” gevormd, met Newt Knight als kapitein, Jasper Collins als eerste luitenant en W. W. Sumrall als tweede luitenant. Verscheidene gedeserteerden uit het Geconfedereerde leger sloten zich aan bij deze compagnie, die toen ze werd opgericht ongeveer zestig man telde, maar later werd uitgebreid tot ongeveer honderdvijfentwintig. De leden kwamen uit verschillende delen van het land. De heer Galloway beweert dat Newt Knight de voorzitter was van de afscheiding van Jones County uit de staat Mississippi. De compagnie deed invallen tegen geconfedereerde troepen, en het gerucht gaat dat de compagnie trouw zwoer aan het leger van de Unie. Ze hadden een geheim hoofdkwartier aan de Leaf River en vochten vele veldslagen uit in Laurel en Ellisville.
Er zijn nog andere theorieën over de bijnaam. Het is waar dat Jones County rond de Burgeroorlog een tijd lang geen bestuur had vanwege het kleine inwonertal en het gebrek aan salaris voor de bestuurders. Er wordt gesuggereerd dat een lid van de county (onduidelijk wie) te paard naar Jackson reed om de ambtseed af te leggen, terugkwam en de county afscheidde van de staat. Een andere versie van de oorsprong van de titel is dat hij aan de county werd gegeven door de burgers van naburige county’s die in de buurt van de Golfkust woonden en langs de lijn van wat nu de Mobile and Ohio spoorweg is, vanwege de volledige vrijheid van de burgers van Jones County van de arbitraire regels van de maatschappij en de beperkingen van de mode die elders werden erkend. Ze gingen blootsvoets naar de kerk, kleedden zich naar eigen goeddunken en droegen hun geweren bij zich voor het geval er wild op hun pad zou komen.
De legende van Newt Knight heeft de meeste geruchten over “De Vrijstaat Jones” doen ontstaan, maar afgezien van die geruchten dragen de politieauto’s in Ellisville tot op de dag van vandaag nog steeds die bijnaam.