Vergelijkende anatomie, de vergelijkende studie van de lichaamsstructuren van verschillende diersoorten om de aanpassingsveranderingen te begrijpen die zij in de loop van de evolutie hebben ondergaan ten opzichte van gemeenschappelijke voorouders.
De moderne vergelijkende anatomie stamt uit het werk van de Franse natuuronderzoeker Pierre Belon, die in 1555 aantoonde dat de skeletten van mensen en vogels zijn opgebouwd uit soortgelijke elementen die op dezelfde manier zijn gerangschikt. Vanuit dit bescheiden begin maakte de kennis van de vergelijkende anatomie in de 18e eeuw een snelle ontwikkeling door dankzij het werk van twee Franse naturalisten – Georges-Louis Leclerc, comte de Buffon, en Louis-Jean-Marie Daubenton – die de anatomie van een groot aantal dieren met elkaar vergeleken. In het begin van de 19e eeuw plaatste de Franse zoöloog Georges Cuvier het vakgebied op een meer wetenschappelijke basis door te beweren dat de structurele en functionele kenmerken van dieren het resultaat zijn van hun interactie met hun omgeving. Cuvier verwierp ook de 18e-eeuwse opvatting dat de leden van het dierenrijk in een enkele lineaire reeks van de eenvoudigste tot de mens zijn gerangschikt. In plaats daarvan rangschikte Cuvier alle dieren in vier grote groepen (gewervelden, weekdieren, geledingen, en radiaten) volgens lichaamsplan. Een andere grote figuur op dit gebied was de Britse anatoom Sir Richard Owen uit het midden van de 19e eeuw, wiens enorme kennis van de structuur van gewervelde dieren hem er niet van weerhield zich te verzetten tegen de theorie van evolutie door natuurlijke selectie, die was ontwikkeld en beroemd gemaakt door de Britse naturalist Charles Darwin. Darwin maakte uitgebreid gebruik van vergelijkende anatomie bij het bevorderen van zijn theorie, die op haar beurt een revolutie teweegbracht door de structurele verschillen tussen soorten te verklaren als het gevolg van hun evolutionaire afstamming door natuurlijke selectie van een gemeenschappelijke voorouder.
Sinds Darwin’s tijd heeft de studie van vergelijkende anatomie zich grotendeels geconcentreerd op lichaamsstructuren die homoloog zijn – d.w.z, structuren in verschillende soorten die dezelfde evolutionaire oorsprong hebben, ongeacht hun huidige functie. Dergelijke structuren kunnen er heel verschillend uitzien en verschillende taken vervullen, maar zij kunnen toch worden teruggevoerd op een gemeenschappelijke structuur in een dier dat aan beide voorouders toebehoorde. Zo zijn bijvoorbeeld de voorpoten van mensen, vogels, krokodillen, vleermuizen, dolfijnen en knaagdieren door de evolutie aangepast om verschillende functies te vervullen, maar zij zijn alle evolutionair te herleiden tot de vinnen van crossopterygische vissen, waarin die basisopstelling van beenderen voor het eerst werd vastgesteld. Analoge structuren daarentegen kunnen op elkaar lijken omdat ze dezelfde functie vervullen, maar ze hebben een andere evolutionaire oorsprong en vaak een andere structuur; de vleugels van insecten en van vogels zijn hier een goed voorbeeld van.