Bij hun aankomst in Animal Junction leunen de broers Kratt (Chris en Martin Kratt) uit het raam en roepen ze Zoboomafoo (of kortweg “Zoboo”, en af en toe “Zob”), die live te zien is als een echte lemuur (Jovian) die over een veld springt om hen te bereiken. Als de maki Animal Junction bereikt, praat hij niet met de gebroeders Kratt totdat ze hem een snack geven, meestal eten dat bij maki’s past, zoals garbanzo bonen, zoete aardappel of mangoschijfjes. Nadat hij klaar is met het eten van zijn snack, boert hij prompt, zegt: “Neem me niet kwalijk,” en draait dan rond op een draaischijf, roepend: “Zoboomafoo-oo-oo-oo!” op welk punt hij een pratende maki marionet wordt (ingesproken door Robertson). Hij leidt dan het hoofdonderdeel van de aflevering in door een “Mangatsika!” te beschrijven. (een Malagasy woord dat letterlijk “koud” betekent, maar in de serie gebruikt wordt om “cool” te betekenen) dier dat hij zag op weg naar Animal Junction. Terwijl hij het dier beschrijft, wordt een liedje gespeeld, “Wie kan het zijn?”, terwijl een tekenfilm de kenmerken van het “mysterieuze dier” laat zien. Aan het eind van het liedje proberen Chris en Martin te raden welk dier Zoboo heeft beschreven en het mysterie wordt onthuld wanneer het dier of de dieren bij Animal Junction aankomen.
Elke aflevering heeft een thema. Bijvoorbeeld, babydieren, angstige dieren of het belang van spelen. De aankomst van het “mysteriedier”, meestal gebruikt als expositie, leidt Zoboo, Chris en Martin in een gesprek over het dier. Minstens één keer per aflevering (twee keer in de meeste afleveringen) zegt Zoboo dat een of andere gebeurtenis in Animal Junction hem doet denken aan een tijd in Zobooland, waarbij hij verhalen vertelt over zijn beste vrienden in Zobooland, zoals Narchi (een miereneterachtig wezen), Gooble (een beerachtig wezen dat goobleberries eet), Sensit (een maki die typisch rondspeelt), Wiggy Waxwing (een vogelachtig wezen dat graag zingt en wortelnoedels eet), Green Puppy (een groene puppy zoals de naam al doet vermoeden), Slimantha (een salamanderachtig wezen), Noggin Drill (een molachtig wezen dat zijn boorvormige hoorn gebruikt), Snow Lemur (een lemuur die op een berg leeft), Baby Zoboomafooasaurus en Mama Zoboomafooasaurus (dinosaurussen, die in CGI verschijnen en waar de dieren vaak op spelen), Buggly (een insect waar Zoboo op rijdt), Fibby (een zeedier met verschillende onderdelen, waaronder een tentakel en een krabbenpoot) en Cy (een leviterende eenogige inktvis die in het tweede seizoen wordt geïntroduceerd). Deze segmenten zijn geanimeerd, met behulp van klei-animatie en hebben verschillende stemmen voor elk personage.
Na het eerste Zobooland-verhaal, Zoboo, ontvangen Chris en Martin een brief van de Dierenhelpers (Jackie in het eerste seizoen en Amy in het tweede seizoen), die kinderen laten zien hoe ze dieren kunnen helpen. Dit leidt ertoe dat Chris en Martin op pad gaan om wezens te bezoeken die gerelateerd zijn aan het thema, altijd beginnend met het liedje “Going to the Closet” gezongen door Zoboo (en soms de personages uit Zobooland). Aan het einde van elke aflevering zingen Zoboo en de broers “Animal Friends”, een liedje dat uitlegt waarom dieren vrienden zijn van iedereen, ook al zijn ze verschillend van soort. Uiteindelijk verandert Zoboo weer in een normale maki en keert hij terug naar zijn huis in Madagaskar. Chris en Martin verlaten Animal Junction ook om het thema van de dag beter te laten zien, waarbij ze naar een regio reizen, vaak in India of Afrika, om de dieren daar te bezoeken.
Voor de aftiteling van elke aflevering laten kinderen de kijkers verschillende dieren en huisdieren zien en vertellen die ze hebben, en wordt er een disclaimer afgespeeld waarin de kijkers wordt verteld dat ze voorzichtig moeten zijn met de dieren die ze tegenkomen. Dan noemen Chris en Martin dierenfeiten die Zoboo tot een grap brengen. Voorbeeld: “Klop klop. Wie is daar? Panter. Panter wie? Panter geen broek, ik ga zwemmen!”. De disclaimer en de grap zijn eruit geknipt voor niet-PBS uitzendingen (uitgezonderd On Demand uitzendingen en PBS Kids Sprout).