A jihad de Sokoto e as guerras iorubás estimularam o comércio de escravos numa altura em que os britânicos tentavam activamente impedi-lo. Anteriormente os escravos tinham sido trocados por mercadorias europeias, especialmente armas e pólvora, mas agora os britânicos encorajavam o comércio de óleo de palma nos estados do delta do Níger, ostensivamente para substituir o comércio de escravos. Mais tarde descobriram que a procura de óleo de palma estava de facto a estimular um comércio interno de escravos, porque os escravos eram em grande parte responsáveis pela recolha de frutos de palma, pelo fabrico de óleo de palma, e pelo seu transporte para a costa, quer por canoa, quer por transporte humano. O comércio de óleo de palma estava também ligado à jihad de Sokoto e às guerras iorubás, porque muitos guerreiros reconheceram a importância dos escravos não só como soldados e produtores de alimentos para alimentar soldados, mas também como produtores de óleo de palma para o comércio de armas de palma e outros bens europeus.
Muitos dos escravos exportados nos anos 1820 e 1930 foram interceptados pelos navios da Marinha Real, emancipados, e depositados na Serra Leoa sob tutela missionária. Alguns deles começaram a emigrar de volta da Serra Leoa em busca de casa e comércio. Convidaram missionários a segui-los e, na década de 1840, disponibilizaram-se como agentes que permitiram aos missionários e comerciantes britânicos o acesso a locais como Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass, e Bonny. Em 1841, os britânicos tentaram instalar algum Egba numa quinta modelo em Lokoja, mas o plano foi abortado porque a taxa de mortalidade entre os funcionários europeus era tão elevada. Foi também em parte para proteger o Egba que os britânicos descascaram Lagos em 1851, expulsaram Kosoko, o oba reinante, e restauraram o seu tio, Akitoye, que parecia mais disposto a aderir a uma campanha para abolir o comércio de escravos. Os britânicos anexaram Lagos em 1861 a fim de proteger o filho e sucessor de Akitoye, e de impedir o regresso de Kosoko, e de assegurar uma base para outras actividades.
Os britânicos ainda não estavam dispostos a assumir as despesas de manutenção de uma administração na Nigéria. Para reduzir custos, Lagos foi administrada primeiro a partir de Freetown na Serra Leoa, juntamente com fortes da Costa de Ouro como Elmina, e mais tarde de Accra (no actual Gana); apenas em 1886 é que Lagos se tornou uma colónia separada. Foi mantido um cônsul em Fernando Po para supervisionar o lucrativo comércio de óleo de palma na região, chamado Rios do Petróleo. Os missionários estavam activos: Presbiterianos em Calabar e na Sociedade Missionária da Igreja (CMS), Metodistas, e Baptistas em Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo, e Ogbomoso. A CMS foi pioneira no comércio no Níger, encorajando o explorador escocês e comerciante Macgregor Laird a gerir um barco a vapor mensal, que fornecia transporte para agentes missionários e comerciantes serra-leoneses que subiam o Níger. Desta forma, o Bispo Samuel Ajayi Crowther – nascido na área habitada de Yoruba- em Oshogbo e o primeiro africano ordenado pelo CMS – foi capaz de estabelecer estações missionárias em Onitsha, Lokoja, e Eggan e mais tarde em Brass e Bonny.
Nos anos 1870, o comércio do Níger estava a tornar-se lucrativo, e algumas empresas francesas tomaram nota. Os missionários católicos franceses, estabelecidos em Ouidah (Whydah), chegaram a Lagos e consideraram o trabalho missionário no Níger. Os britânicos responderam a tal prova de rivalidade defendendo o seu direito à livre navegação no rio na Conferência da África Ocidental de Berlim de 1884-85. Ao mesmo tempo, George Dashwood Goldie, um empresário britânico, comprou todos os rivais franceses e criou a Royal Niger Company (fundada em 1886) a fim de controlar o comércio no Níger e administrar os imensos territórios do Califado de Sokoto e Borno. Além disso, foram declarados dois outros protectorados, um sobre os Rios Petrolíferos e outro sobre o interior de Lagos, para estabelecer uma afirmação de que estas áreas eram também “esferas de interesse” britânicas
Os limites dos dois protectorados e os territórios da Royal Niger Company eram difíceis de definir, mas a tensão foi aliviada em 1894 quando ambas as entidades se fundiram no Protectorado da Costa do Níger. A rivalidade entre a Royal Niger Company e o Protectorado de Lagos sobre a fronteira entre o emirado de Ilorin e o império de Ibadan foi resolvida com a revogação da carta da Royal Niger Company a 1 de Janeiro de 1900, em troca de amplas concessões minerais.
No norte, Frederick Lugard, o primeiro alto comissário do norte da Nigéria, foi fundamental na subjugação dos emires Fulani. Alguns foram depostos, outros foram derrotados em batalha, e outros colaboraram. Em 1903, a conquista dos emirados estava completa. A cidade de Kano, com paredes de lama, foi capturada em Fevereiro, e, após uma vigorosa escaramuça em Kotorkwashi, a capital do sultão, Sokoto, caiu no mês seguinte. Todos os territórios estavam agora sob controlo britânico, e a procura de uma identidade começou, primeiro como Norte e Sul da Nigéria e depois com uma eventual amálgama.
A penetração britânica da Nigéria encontrou várias formas de resistência em todo o país. No sul, os britânicos tiveram de travar muitas guerras, em particular as guerras contra o Ijebu (um grupo iorubá) em 1892, o Aro de Igboland oriental, e, até 1914, o Aniocha de Igboland ocidental. No norte, muitos emirados não tomaram medidas militares, mas o califa deposto, Atahiru I, rebelou-se em 1903. Muitos muçulmanos recorreram à migração como uma forma de resistência, uma táctica conhecida como hejira, na qual aqueles vistos como infiéis são evitados.
Resistência foi forte no Igboland ocidental, onde uma série de guerras foram travadas contra os britânicos. Os Ekumeku, que eram bem organizados e cujos líderes eram unidos em juramentos de segredo, utilizavam efectivamente tácticas de guerrilha para atacar os britânicos. As suas forças, provenientes de centenas de jovens Igbo de todas as partes da região, criaram muitos problemas para os britânicos, mas os britânicos utilizaram tácticas fortes e armamento pesado (destruindo casas, quintas e estradas) para prevalecerem. O Ekumeku, contudo, tornou-se uma grande fonte de nacionalismo Igbo.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola