De acordo com a lenda, em 1139 o Conde Afonso Henriques obteve uma vitória decisiva contra as forças mouriscas em Ourique. Os cinco escudos que ele supostamente atingiu das mãos de cinco reis mouros foram mais tarde reflectidos nos cinco escudos azuis da sua bandeira branca. Cada escudo tinha cinco discos brancos para as cinco feridas de Cristo, que, segundo a tradição, apareceram antes da batalha e garantiram o sucesso do conde. No século XIII, o rei Afonso III acrescentou ao escudo uma fronteira vermelha com castelos de ouro como símbolo do reino vizinho de Castela; isto pode ter ocorrido em 1254, quando casou com Beatriz de Castela (a filha ilegítima de Afonso X) e fez com que o território conhecido como o Algarve fosse transferido para Portugal.
Surradas por uma coroa, essas armas apareceram em muitas bandeiras portuguesas ao longo dos séculos – por exemplo, depois de 1640, quando Portugal recuperou a sua independência de Espanha, as suas bandeiras eram brancas com as armas reais. Em 1816, um símbolo para o Brasil, a esfera armilar, foi acrescentado por detrás do escudo. A esfera armilar foi utilizada como instrumento de navegação por anteriores reis portugueses que tinham patrocinado viagens mundiais de exploração e colonização nos séculos XV e XVI. Embora esse símbolo tenha sido abandonado na década de 1820, quando o Brasil se tornou independente, foi reavivado em 30 de Junho de 1911, após a revolução de Outubro de 1910 que derrubou a monarquia e fez de Portugal uma república. Ao mesmo tempo, o verde e o vermelho substituíram as faixas azuis e brancas de fundo da bandeira, em uso desde 1830. O vermelho era a cor da bandeira revolucionária, e o verde foi acrescentado para que a nova bandeira nacional não fosse confundida com o antigo padrão real, que tinha um fundo vermelho simples. O verde e o vermelho também tinham sido apresentados em muitas das primeiras bandeiras portuguesas, tais como as da Ordem de Cristo e as que mostravam as cruzes de Avis.