Quando uma molécula de ADN é duplamente encalhada, como o ADN normalmente é, as duas cordas correm em direcções opostas. Portanto, uma extremidade da molécula terá a extremidade de 3′ da vertente 1 e a extremidade de 5′ da vertente 2, e vice-versa na outra extremidade. No entanto, o facto de a molécula ser duas encalhadas permite numerosas variações diferentes.
Extremidades rombasEditar
A extremidade mais simples de ADN de uma molécula duplamente encalhada é chamada de extremidade romba. As extremidades rombas são também conhecidas como extremidades não coesivas. Numa molécula romba, ambos os fios terminam num par de base. As extremidades rombas nem sempre são desejadas na biotecnologia, uma vez que quando se utiliza uma ligase de ADN para unir duas moléculas numa só, o rendimento é significativamente mais baixo com as extremidades rombas. Ao realizar a subclonagem, também tem a desvantagem de potencialmente inserir o ADN inserido na orientação oposta desejada. Por outro lado, as pontas contundentes são sempre compatíveis entre si. Aqui está um exemplo de um pequeno pedaço de ADN rombo:
5'-GATCTGACTGATGCGTATGCTAGT-3'3'-CTAGACTGACTACGCATACGATCA-5'
Overhangs e pontas pegajosasEdit
Non-blunt ends are created by various overhangs. Um overhang é um trecho de nucleótidos não emparelhados no final de uma molécula de ADN. Estes nucleótidos não emparelhados podem estar em qualquer um dos fios, criando saliências de 3′ ou 5′. Estas saliências são na maioria dos casos palíndromos.
O caso mais simples de uma saliência é um único nucleótido. Este é mais frequentemente adenosina e é criado como uma saliência de 3′ por algumas polimerases de ADN. O mais comum é ser utilizado na clonagem de produtos PCR criados por uma tal enzima. O produto é unido por uma molécula de ADN linear com uma saliência de 3′ de timina. Como a adenina e a timina formam um par base, isto facilita a união das duas moléculas por uma ligase, produzindo uma molécula circular. Aqui está um exemplo de um A-overhang:
5'-ATCTGACTA-3'3'-TAGACTGA-5'
P>P>Pontas mais compridas são chamadas pontas coesas ou pontas pegajosas. São mais frequentemente criadas por endonucleases de restrição quando cortam o ADN. Muito frequentemente cortam os dois fios de ADN quatro pares de bases um do outro, criando uma saliência de quatro bases de 5′ numa molécula e uma saliência complementar de 5′ na outra. Estas extremidades são chamadas coesas, uma vez que são facilmente unidas de novo por uma ligase.
Por exemplo, estas duas extremidades “pegajosas” são compatíveis:
5'-ATCTGACT + GATGCGTATGCT-3'3'-TAGACTGACTACG CATACGA-5'
P>P>Pode formar pares de bases complementares na região da saliência:
GATGCGTATGCT-3'5'-ATCTGACT CATACGA-5'3'-TAGACTGACTACG
Também, uma vez que diferentes endonucleases de restrição geralmente criam sobreposições diferentes, é possível criar um plasmídeo através da excisão de um pedaço de ADN (utilizando uma enzima diferente para cada extremidade) e depois juntá-lo a outra molécula de ADN com extremidades aparadas pelas mesmas enzimas. Uma vez que as sobreposições têm de ser complementares para que a ligase funcione, as duas moléculas só podem unir-se numa orientação. Isto é frequentemente altamente desejável em biologia molecular.
Frayed endsEdit
Acruzamento de cada filamento de ADN, vemos tipicamente um par de adeninas com timina, e um par de citosinas com guanina para formar um filamento complementar paralelo, como descrito abaixo. Duas sequências de nucleótidos que correspondem uma à outra desta forma são referidas como complementares:
5'-ATCTGACT-3'3'-TAGACTGA-5'
Uma extremidade desgastada refere-se a uma região de uma molécula de ADN duplamente desgastada (ou outra multifacetada) perto da extremidade com uma proporção significativa de sequências não complementares; ou seja, uma sequência em que os nucleótidos nas vertentes adjacentes não correspondem correctamente:
5'-ATCTGACTAGGCA-3'3'-TAGACTGACTACG-5'
O termo “desfiado” é utilizado porque os nucleótidos incorrectamente combinados tendem a evitar a ligação, aparecendo assim semelhantes aos fios num pedaço de corda desfiado.
Embora também sejam possíveis sequências não complementares no meio de ADN duplamente desfiado, as regiões desfiadas longe das extremidades não são referidas como “esgarçadas”.