Youssef nasceu no Egipto, onde se tornou cristão, e viveu no Líbano e na Austrália antes de se mudar para os Estados Unidos. Enquanto esteve na Austrália, Youssef estudou no Moore Theological College em Sydney, foi ordenado ministro, e conheceu a sua esposa, Elizabeth.
Os Youssef imigraram para os Estados Unidos em 1977, e em 1984 Youssef tornou-se um cidadão americano. Obteve diplomas adicionais do Seminário Teológico Fuller na Califórnia e da Universidade Emory na Geórgia.
Youssef trabalhou durante quase 10 anos com o Instituto Haggai, viajando por todo o mundo e ensinando cursos de evangelismo e liderança da igreja a líderes da igreja. Fundou a Igreja dos Apóstolos em 1987. É autor de mais de 35 livros, incluindo The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi, e Jesus, Jihad and Peace.
Youssef fundou Leading The Way em 1988, um ministério em Atlanta, Geórgia, com o objectivo de alcançar os muçulmanos no Médio Oriente. É também o pastor fundador da Igreja dos Apóstolos em Atlanta.
Youssef e a sua esposa vivem em Atlanta e têm quatro filhos adultos e oito netos.