Natural Bridges State Beach é o lar de um bosque de eucaliptos que forneceu habitat para borboletas monarca. Até 150.000 borboletas migram até 2.000 milhas (3.200 km) para o parque para escapar ao clima frio do Inverno no noroeste dos Estados Unidos e Canadá. A cidade de Santa Cruz realiza um festival anual para assinalar o regresso das borboletas. Os monarcas instalam-se em bosques ao longo das costas da Califórnia e Baja California. Em Natural Bridges State Beach, encontram abrigo do vento e das fontes de água e comida. As borboletas aglomeram-se sobre as árvores, “entrelaçando as suas pernas entre os ramos para se assemelharem a um torrão de folhas”. As borboletas protegem-se umas às outras dos ventos frios do Inverno e das chuvas, agrupando-se umas às outras. A população de borboletas no parque começou a diminuir a partir do final dos anos 90. O biólogo atribui o declínio a uma falta de habitat causada por pinheiros e eucaliptos caídos. O declínio na praia Natural Bridges State Beach significou um aumento do número de borboletas na vizinha Lighthouse Field State Beach.
Os 65-acre (26 ha) do parque têm uma variedade de habitats. Água salgada e pântanos de água doce encontram-se em Moore Creek. O matagal costeiro rodeia as margens e áreas interiores não desenvolvidas do parque. Dunas de areia e um lago de água doce também se encontram no parque.
Piscinas de marés na praia proporcionam um vislumbre do habitat da vida marinha para os visitantes do parque. As marés vivas revelam populações de ouriços-do-mar, estrelas do mar, caranguejos eremitas e algas. Os mamíferos marinhos, tais como baleias, focas e lontras marinhas podem ser vistos da praia. Em combinação com a boca estuarina de Moore Creek, a praia estatal fornece habitat para uma variedade de espécies de aves, tais como aves costeiras, gaivotas, e garças nevadas. Pelicanos e corvos-marinhos castanhos podem frequentemente ser encontrados na restante ponte natural.
Natural Bridges State Marine Reserve é uma área marinha protegida ao largo da costa da praia Natural Bridges State Beach. Como um parque subaquático, esta área marinha protegida ajuda a conservar a vida selvagem oceânica e os ecossistemas marinhos.