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br>p>p>Na biologia molecular, uma sonda de hibridação é um fragmento de ADN ou RNA de comprimento variável (normalmente 100-10000 bases de comprimento) que pode ser rotulado radioactivamente ou fluorescentemente. Pode então ser utilizada em amostras de ADN ou RNA para detectar a presença de substâncias nucleotídicas (o alvo do RNA) que são complementares à sequência na sonda. A sonda hibridiza assim o ácido nucleico de cadeia única (ADN ou RNA) cuja sequência de base permite o emparelhamento sonda/alvo devido à complementaridade entre a sonda e o alvo. A sonda rotulada é primeiro desnaturada (por aquecimento ou sob condições alcalinas, como a exposição ao hidróxido de sódio) em ADN de cadeia única (ssDNA) e depois hibridizada para o ssDNA (sul blotting) ou RNA (norte blotting) alvo imobilizado numa membrana ou in situ.Para detectar a hibridização da sonda à sua sequência alvo, a sonda é marcada (ou “rotulada”) com um marcador molecular de moléculas radioactivas ou (mais recentemente) fluorescentes; os marcadores normalmente utilizados são 32P (um isótopo radioactivo de fósforo incorporado na ligação fosfodiéster no ADN da sonda) ou digoxigenina, que é um marcador não radioactivo, baseado em anticorpos. As sequências de ADN ou transcrições de ARN que tenham uma sequência moderada a elevada, semelhante à sonda, são então detectadas através da visualização da sonda hibridizada através de autoradiografia ou outras técnicas de imagem. Normalmente, ou são tiradas fotografias de raios X do filtro, ou o filtro é colocado sob luz UV. A detecção de sequências com semelhança moderada ou elevada depende de quão rigorosas foram aplicadas as condições de hibridização – elevado rigor, tal como alta temperatura de hibridação e baixo sal em tampões de hibridação, permite apenas a hibridação entre sequências de ácido nucleico que são altamente semelhantes, enquanto que baixo rigor, tal como baixa temperatura e alto sal, permite a hibridação quando as sequências são menos semelhantes. As sondas de hibridação utilizadas em microarrays de ADN referem-se ao ADN covalentemente ligado a uma superfície inerte, como lâminas de vidro revestidas ou chips de genes, aos quais um alvo cDNA móvel é hibridizado.
Dependente do método, a sonda pode ser sintetizada utilizando o método da fosforamidite, ou pode ser gerada e rotulada por amplificação ou clonagem por PCR (ambos são métodos mais antigos). A fim de aumentar a estabilidade in vivo da sonda, não é utilizado o RNA. Em vez disso, podem ser utilizados análogos de RNA, em particular derivados de morfolina. As sondas baseadas em ADN molecular ou RNA são agora usadas rotineiramente na triagem de bibliotecas de genes, detectando sequências de nucleótidos com métodos de blotting, e noutras tecnologias genéticas, tais como ácido nucleico e microarrays de tecido.