Alpha 1 Antitrypsin (AAT) é uma proteína sérica altamente polimórfica. Várias variantes genéticas estão associadas a vários graus de diminuição dos níveis séricos; no entanto, estes níveis podem aumentar em resposta a infecções, inflamações, lesões e níveis de estrogénio. Embora o efeito da inflamação esteja bem estabelecido, nunca foi estudado quantitativamente com respeito a genótipos específicos numa grande amostra representativa. Utilizando dados de uma coorte nacional de rastreio com deficiência de AAT, avaliamos os níveis de AAT de doentes com genótipos normais e deficientes em resposta à inflamação, indicados pela proteína C reactiva sérica elevada (CRP). Além disso, utilizámos uma análise de regressão para ajustar o efeito da inflamação para cada genótipo. Em todos os grupos de genótipos estratificados, foram observados níveis aumentados de AAT em doentes com CRP ≥5 mg/L. Diferentes fenótipos AAT reagiram de forma diferente na fase aguda; M mostrou uma resposta forte e Z uma reacção reduzida. No entanto, descobrimos que a inflamação mascarou significativamente os níveis de AAT de base clinicamente relevante em alguns indivíduos com PI*MZ; aproximadamente um quarto das amostras de PI*MZ mostraram sinais de inflamação. Os níveis médios de AAT (mg/dL) na presença de inflamação são dados para vários genótipos; os números entre parênteses são níveis do coorte sem inflamação/níveis ajustados do coorte com inflamação utilizando o algoritmo recentemente concebido: PI*MM: 162 (142/140); PI*MS: 136 (117/115); PI*MZ: 104 (85/89); PI*MF: 161 (132/141); PI*SS: 115 (96/91); PI*SZ: 66 (54/50). Concluímos que as determinações simultâneas dos níveis de CRP e AAT, e a genotipagem são clinicamente valiosas na definição de variantes de AAT e que o efeito da inflamação pode ser ajustado.