Little is known about how Jones County got its nickname “The Free State of Jones”, mas tem havido muitos rumores e teorias. Um com o apoio da publicação na Magazine of American History foi um artigo escrito por G. Norton Galloway, Historian of the Sixth Army Corps, intitulado “A Confederacy within a Confederacy” O único problema com a sua história é que não há qualquer citação de autoridades e o Sr. Galloway não deixou qualquer informação para o contactar. Ele afirma no seu artigo que na segunda metade do ano 1862, uma convenção reunida em Ellisville, Condado de Jones, Mississippi, e aprovou uma portaria de secessão do Estado do Mississippi e dos Estados Confederados da América. Ele dá mesmo as palavras exactas da portaria: “Considerando que o Estado do Mississippi considerou oportuno retirar-se da União Federal por razões que parecem justificáveis, e que nós, os cidadãos de Jones reclamamos o mesmo direito, pensando que as nossas queixas são suficientes devido a uma lei injusta aprovada pelo Congresso dos Estados Confederados da América, forçando-nos a ir a partes distantes, etc., etc., seja ela resolvida. Que separemos a união até agora existente entre o Condado de Jones e o Estado do Mississipi, e proclamemos a nossa independência do referido Estado, e dos Estados Confederados da América – “e apelamos a Deus Todo-Poderoso para testemunhar e abençoar o acto”
Devido em parte à escassa população do Condado de Jones, a maioria parecia ser contra a secessão do Estado, e o Condado de Jones elegeu o suspeito anti-secessionista J.D. Powell para representar Jones na Convenção da Secessão. Quando chegou o momento de votar, Powell votou a favor da secessão. Powell foi enforcado na efígie e abusou tanto que não ousou regressar ao condado durante algum tempo.
O Condado de Jones enviou tropas para a Confederação. Três empresas completas e uma grande parte de outras quatro foram formadas nas suas fronteiras. Algumas desertaram e regressaram ao Condado de Jones, alegando que não lutariam pelos homens ricos enquanto estivessem em casa a divertir-se. Na última parte de 1862, foi formada a famosa “Newt Knight Company”, com Newt Knight como Capitão, Jasper Collins Primeiro Tenente, e W. W. Sumrall Segundo Tenente. Vários dos que desertaram do exército confederado juntaram-se a esta companhia, que contava quando foi organizada com cerca de sessenta homens, mas mais tarde foi aumentada para cerca de cento e vinte e cinco. Os seus membros eram provenientes de várias partes do país. O Sr. Galloway afirma que Newt Knight era o presidente da secessão do Condado de Jones do Estado do Mississippi. A companhia fez rusgas contra as forças confederadas, e correm rumores de que a companhia jurou lealdade ao Exército da União. Tinham sede secreta no Leaf River e travaram muitas batalhas em Laurel e Ellisville.
Existem outras teorias quanto à alcunha. É verdade que o Condado de Jones esteve durante um período de tempo sem administração por volta da época da Guerra Civil, devido à pequena população e à falta de pagamento aos administradores. Sugere-se que um membro do condado (pouco claro quem) cavalgou até Jackson a cavalo e fez o juramento de posse e regressou e separou o condado do estado. Outra versão da origem do título é que foi dado ao condado pelos cidadãos dos condados vizinhos que viviam perto da costa do Golfo e ao longo da linha do que é agora a ferrovia Mobile e Ohio, devido a toda a liberdade dos cidadãos do condado de Jones face às regras arbitrárias da sociedade e às restrições da moda reconhecidas noutros locais. Foram à igreja descalços, vestidos da forma que julgavam adequada, e carregaram as suas armas para usar no caso de algum jogo poder cruzar-se no seu caminho.
A lenda de Newt Knight gerou a maioria dos rumores em torno de “O Estado Livre de Jones”, mas, rumores à parte, carros da polícia em Ellisville até hoje ainda ostentam o apelido.