P>A sua chegada ao Animal Junction, os irmãos Kratt (Chris e Martin Kratt) inclinam-se pela janela e chamam Zoboomafoo (ou “Zoboo” para abreviar, e ocasionalmente “Zob”), mostrado num segmento de acção ao vivo como um verdadeiro lémure (Jovian) saltando através de um campo para os alcançar. Quando o lémure chega a Animal Junction, ele não fala com os irmãos Kratt até que eles lhe dêem um lanche, geralmente comida apropriada para o lémure como feijão de garbanzo, batata-doce ou fatias de manga. Depois de ter acabado de comer o seu lanche, ele arrota prontamente, dizendo: “Desculpe-me”, e depois gira numa mesa giratória, gritando: “Zoboomafoo-oo-oo-oo-oo!”, altura em que se torna um fantoche de lémure falante (expressado por Robertson). Ele conduz então ao segmento principal do episódio descrevendo um “Mangatsika!”. (palavra malgaxe que significa literalmente “frio”, mas usada na série para significar “frio”) animal que ele viu no seu caminho para Animal Junction. Ao descrever o animal, toca uma canção, “Who Could It Be?”, enquanto um desenho animado mostra as características do “animal misterioso”. No final da canção, Chris e Martin tentam adivinhar o animal que o Zoboo descreveu e o mistério é revelado quando o animal ou animais chegam ao Animal Junction.
p>Cada episódio tem um tema. Por exemplo, animais bebés, animais assustadores ou a importância da brincadeira. A chegada do “animal misterioso”, geralmente utilizado como exposição, leva Zoboo, Chris e Martin a uma conversa sobre o animal. Pelo menos uma vez em cada episódio (duas vezes na maioria dos episódios), Zoboo diz que algum acontecimento em Animal Junction lembra-lhe um tempo em Zobooland, onde ele conta histórias sobre os seus melhores amigos em Zobooland, tais como Narchi (uma criatura parecida com um tamanduá), Gooble (uma criatura parecida com um urso que come goobleberries), Sensit (um lémure que normalmente brinca por aí), Wiggy Waxwing (uma criatura parecida com uma ave que gosta de cantar e comer macarrão de raiz), Green Puppy (um cachorro verde como o nome indica), Slimantha (uma criatura semelhante à salamandra), Noggin Drill (uma criatura semelhante à toupeira que usa o seu chifre em forma de broca), Snow Lemur (um lémure que vive numa montanha), Baby Zoboomafooasaurus e Mama Zoboomafooasaurus (dinossauros, que aparecem no CGI, em que os animais brincam frequentemente), Buggly (um insecto que o Zoboo monta), Fibby (uma criatura marinha com várias partes incluindo um tentáculo e uma perna de caranguejo) e Cy (uma lula levitante de um olho introduzido na segunda época). Estes segmentos são animados, utilizando animação em argila e apresentam vozes distintas para cada personagem.
Depois da primeira história de Zobooland, Zoboo, Chris e Martin recebem uma carta dos Ajudantes dos Animais (Jackie na primeira época e Amy na segunda época), que mostram às crianças como ajudar os animais. Isto leva Chris e Martin a sair para visitar criaturas relacionadas com o tema, sempre começando com a canção “Going to the Closet” cantada por Zoboo (e por vezes as personagens de Zobooland). No final de cada episódio, Zoboo e os irmãos assinam cantando “Animal Friends”, uma canção que explica porque é que os animais são amigos de todos, apesar de serem espécies diferentes. Finalmente, Zoboo volta a ser um lémure normal e regressa à sua casa em Madagáscar. Chris e Martin também deixam Animal Junction para melhor demonstrar o tema do dia, viajando para uma região, muitas vezes na Índia ou África, para visitar as criaturas lá.
Antes dos créditos de cada episódio, as crianças mostram e contam aos telespectadores sobre vários animais e animais de estimação que têm, e é tocado um disclaimer dizendo aos telespectadores que devem ter cuidado com os animais que encontram. Depois Chris e Martin mencionam factos sobre animais que levam o Zoboo a uma brincadeira. Exemplo: “Knock knock knock”. Quem está lá? Pantera. Pantera quem? Pantera sem calças, eu vou nadar!”. O aviso de isenção de responsabilidade e a piada foram editados para as transmissões não-PBS (excluindo as visualizações On Demand e PBS Kids Sprout).