Secondo la leggenda, nel 1139 il conte Afonso Henriques ottenne una vittoria decisiva contro le forze moresche a Ourique. I cinque scudi che presumibilmente colpì dalle mani di cinque re moreschi si rifletterono in seguito nei cinque scudi blu sul suo vessillo bianco. Ogni scudo portava cinque dischi bianchi per le cinque ferite di Cristo, che, secondo la tradizione, apparve prima della battaglia e garantì il successo del conte. Nel XIII secolo il re Afonso III aggiunse allo scudo un bordo rosso con castelli d’oro come simbolo del vicino regno di Castiglia; questo potrebbe essere avvenuto nel 1254, quando sposò Beatriz di Castiglia (la figlia illegittima di Alfonso X) e fece in modo che il territorio noto come Algarve fosse trasferito al Portogallo.
Sormontate da una corona, queste armi apparvero su molte bandiere portoghesi nel corso dei secoli – per esempio, dopo il 1640, quando il Portogallo riconquistò la sua indipendenza dalla Spagna, le sue bandiere erano bianche con le armi reali. Nel 1816 un simbolo del Brasile, la sfera armillare, fu aggiunto dietro lo scudo. La sfera armillare era stata usata come strumento di navigazione dai precedenti re portoghesi che avevano sponsorizzato viaggi di esplorazione e insediamento in tutto il mondo nei secoli XV e XVI. Anche se questo simbolo fu abbandonato negli anni 1820, quando il Brasile divenne indipendente, fu ripreso il 30 giugno 1911, dopo la rivoluzione dell’ottobre 1910 che rovesciò la monarchia e rese il Portogallo una repubblica. Allo stesso tempo il verde e il rosso sostituirono le strisce di fondo blu e bianche della bandiera, in uso dal 1830. Il rosso era il colore della bandiera rivoluzionaria, e il verde fu aggiunto in modo che la nuova bandiera nazionale non fosse confusa con il vecchio standard reale, che aveva uno sfondo rosso. Il verde e il rosso erano anche presenti in molte delle prime bandiere portoghesi, come quelle dell’Ordine di Cristo e quelle che mostravano le croci dell’Avis.