I bastoni Punji sarebbero posizionati in aree che potrebbero essere attraversate da truppe nemiche. La presenza dei bastoni punji può essere camuffata da sottobosco naturale, coltivazioni, erba, cespugli o materiali simili. Erano spesso incorporati in vari tipi di trappole; per esempio, una fossa mimetizzata in cui un soldato poteva cadere (sarebbe stato un trou de loup).
A volte una fossa veniva scavata con bastoni punji ai lati che puntavano verso il basso ad un angolo. Un soldato che entrasse nella fossa si troverebbe nell’impossibilità di rimuovere la gamba senza fare gravi danni, e le ferite potrebbero essere causate dal semplice atto di cadere in avanti mentre la gamba è in una fossa stretta, verticale e foderata di pali. Tali fosse richiederebbero tempo e cura per estrarre la gamba del soldato, immobilizzando l’unità più a lungo che se il piede fosse semplicemente perforato, nel qual caso la vittima potrebbe essere evacuata con una barella o con il trasporto dei vigili del fuoco se necessario.
Altre misure aggiuntive includono il rivestimento dei bastoni in veleno di piante, veleno animale, o anche feci umane, causando infezione o avvelenamento nella vittima dopo essere stata trafitta dai bastoni, anche se la ferita stessa non era pericolosa per la vita.
I bastoni Punji sono stati talvolta impiegati nella preparazione di un’imboscata. I soldati in attesa del passaggio del nemico dispiegavano i bastoni punji nelle aree in cui ci si aspettava che il nemico sorpreso si mettesse al riparo, così i soldati che si tuffavano per coprirsi si impalavano.
Il punto di penetrazione era di solito nel piede o nella parte inferiore della gamba. I bastoni Punji non avevano necessariamente lo scopo di uccidere la persona che li calpestava; piuttosto, a volte erano progettati specificamente per ferire solo il nemico e rallentare o fermare la sua unità mentre la vittima veniva evacuata in una struttura medica.