Alfred Molina è nato nel 1953 a Londra, Inghilterra. Sua madre, Giovanna (Bonelli), era una cuoca e donna delle pulizie di origine italiana, e suo padre, Esteban Molina, era un cameriere e autista di origine spagnola. Ha studiato alla Guildhall School of Music and Drama di Londra. Il suo lavoro teatrale include due importanti produzioni del Royal National Theatre, “The Night of the Iguana” di Tennessee Williams (come Shannon) e “Speed the Plow” di David Mamet (come Fox), più una splendida performance in “Art” di Yasmina Reza (il suo debutto a Broadway), per la quale ha ricevuto una nomination al Tony Award nel 1998. Ha fatto il suo debutto cinematografico in Indiana Jones e i Predatori dell’Arca Perduta (1981) e ha avuto una buona parte in Lettera a Brezhnev (1985) (come un marinaio sovietico che passa una notte a Liverpool), ma la sua svolta cinematografica è arrivata due anni dopo quando ha interpretato – in modo superbo – Kenneth Halliwell, il tragico amante del drammaturgo Joe Orton, in Prick Up Your Ears (1987) di Stephen Frears. È stato anche eccezionale in Enchanted April (1991), The Perez Family (1995) (nel ruolo di un immigrato cubano), Anna Karenina (1997) (nel ruolo di Levin) e Chocolat (2000) (nel ruolo del sindaco dalla mentalità ristretta di una piccola città francese degli anni ’50 circa, che cerca di far chiudere un negozio di cioccolato).