La Confederazione dei Sistemi Indipendenti fu mostrata per la prima volta in Attacco dei Cloni. Questo movimento, guidato dal cancelliere Palpatine, ottenne sostegno e presto ebbe l’appoggio di migliaia di sistemi solari. La Repubblica Galattica temeva che sarebbe iniziata una guerra. Il conte Dooku e i leader separatisti si stavano preparando per una guerra. Nute Gunray, leader della Federazione del Commercio, diede migliaia di droidi da battaglia all’esercito separatista. Altri leader, come Poggle il Minore e San Hill, diedero soldi e droidi alla causa separatista. Sul pianeta Geonosis, il conte Dooku si incontrò con i leader di potenti aziende. Il conte Dooku fece la sua offerta e si formò la Confederazione dei Sistemi Indipendenti. Il Jedi Obi-Wan Kenobi ascoltò la riunione e mandò un avvertimento alla Repubblica. La Repubblica inviò un esercito di cloni appena creato per combattere i droidi da battaglia. Questa battaglia su Geonosis diede inizio alle Guerre dei Cloni. L’arciduca geonosiano Poggle il Minore dà i piani di una nuova arma al conte Dooku. Il conte Dooku lascia il pianeta e va su Coruscant. Dà i piani a Darth Sidious e gli dice che la guerra è iniziata.