Embryonalentwicklung und Geschlechtsbestimmung
Viviparität, also die Geburt lebender Jungtiere, kommt bei einigen Eidechsenarten vor. Bei Skinken trifft dies auf etwa ein Drittel der Arten zu, von denen viele in tropischem Klima leben. In den meisten anderen Familien, die lebendgebärende Vertreter haben, sind die Arten, die häufig kalten Bedingungen ausgesetzt sind – entweder in großer Höhe oder in extremen Breitengraden – tendenziell lebendgebärend. Zum Beispiel bringen alle neuseeländischen Geckos lebende Junge zur Welt, während alle anderen Geckos Eier legen. Es gibt eine große Vielfalt an Mechanismen, die zur Produktion von lebenden Jungtieren führen. Bei einigen Eidechsen besteht der einzige Unterschied zwischen der Eiablage (Oviparie) und der Lebendgeburt (Viviparie) darin, dass sich um die „Eier“ keine Schalen bilden. Das Weibchen behält sie im Eileiter, bis die Entwicklung abgeschlossen ist, und jedes Ei enthält bereits die gesamte für die Entwicklung notwendige Energie in seinem großen Dotter. In diesen Fällen gehen keine zusätzlichen Nährstoffe von der Mutter auf den Nachwuchs über.
Bei anderen Eidechsen enthalten die aus dem Eierstock freigesetzten Eier die meiste, aber nicht alle für die Entwicklung notwendige Energie im Dotter. Je nach Echsenart können sich verschiedene Arten von Plazenten entwickeln. Dies hat zur Folge, dass einige Nährstoffe während der Entwicklung von der Mutter auf die Nachkommen übergehen. Bei einigen wenigen Arten, wie z. B. Mabuya heathi, werden winzige Eier mit fast keinem Dotter aus dem Eierstock entlassen und im Eileiter deponiert. Es entwickelt sich eine hochentwickelte und komplexe Plazenta, und mehr als 99 Prozent der für die Embryonalentwicklung notwendigen Nährstoffe gehen von der Mutter auf den Nachwuchs über. Bei diesen Arten ist die Tragzeit in der Regel sehr lang ( 8-12 Monate).
Das Geschlecht ist bei den meisten Echsen genetisch und starr festgelegt; ein Schlüpfling hat normalerweise entweder männliche oder weibliche Fortpflanzungsstrukturen. Bei Vertretern der meisten Eidechsenfamilien (Iguania) und bei einigen Arten von Peitschenschwänzen, Tegus, Geckos und Skinken haben die Männchen unterschiedliche Geschlechtschromosomen, vergleichbar mit dem Geschlechtschromosomensystem der meisten Säugetiere. Einige weibliche Geckos und Mauereidechsen sowie alle Warane haben unterschiedliche Geschlechtschromosomen, die denen von Schlangen ähneln. Bei einigen wenigen Eidechsenarten (einige Leguane, Geckos und Mauereidechsen) sind keine Geschlechtschromosomen vorhanden. Sie verlassen sich auf die temperaturabhängige Geschlechtsbestimmung (TSD), d. h. die Temperaturen im Nest während der Eientwicklung steuern das Geschlecht der Jungtiere.