Según la leyenda, en 1139 el conde Afonso Henriques obtuvo una victoria decisiva contra las fuerzas moras en Ourique. Los cinco escudos que supuestamente arrancó de las manos de cinco reyes moros se reflejaron posteriormente en los cinco escudos azules de su estandarte blanco. Cada escudo llevaba cinco discos blancos en representación de las cinco heridas de Cristo, que, según la tradición, se apareció antes de la batalla y garantizó el éxito del conde. En el siglo XIII, el rey Afonso III añadió al escudo una orla roja con castillos de oro como símbolo del vecino reino de Castilla; esto pudo ocurrir en 1254, cuando se casó con Beatriz de Castilla (hija ilegítima de Alfonso X) y dispuso la cesión a Portugal del territorio conocido como Algarve.
Superpuestas por una corona, esas armas aparecieron en muchas banderas portuguesas a lo largo de los siglos; por ejemplo, después de 1640, cuando Portugal recuperó su independencia de España, sus banderas eran blancas con las armas reales. En 1816 se añadió un símbolo de Brasil, la esfera armilar, detrás del escudo. La esfera armilar fue utilizada como instrumento de navegación por anteriores reyes portugueses que habían patrocinado viajes de exploración y colonización por todo el mundo en los siglos XV y XVI. Aunque este símbolo se abandonó en la década de 1820, cuando Brasil se independizó, se recuperó el 30 de junio de 1911, tras la revolución de octubre de 1910 que derrocó a la monarquía e hizo de Portugal una república. Al mismo tiempo, el verde y el rojo sustituyeron a las franjas de fondo azul y blanco de la bandera, en uso desde 1830. El rojo era el color de la bandera revolucionaria, y el verde se añadió para que la nueva bandera nacional no se confundiera con el antiguo estandarte real, que tenía un fondo rojo liso. El verde y el rojo también figuraban en muchas de las primeras banderas portuguesas, como las de la Orden de Cristo y las que mostraban las cruces de Avis.