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En 1935, Robert Broom encontró los primeros fósiles de hombre-mono en Sterkfontein y comenzó a trabajar en este sitio. En 1938, un joven escolar, Gert Terrblanche, trajo a Raymond Dart fragmentos de un cráneo de la cercana Kromdraai que más tarde fueron identificados como Paranthropus robustus. También en 1938, se encontró un único diente de hombre mono en el yacimiento de Cooper, entre Kromdraai y Sterkfontein. En 1948, la expedición Camp-Peabody de Estados Unidos trabajó en Bolts Farm y Gladysvale en busca de homínidos fósiles, pero no encontró ninguno. Más tarde, en 1948, Robert Broom identificó los primeros restos de homínidos de la cueva de Swartkrans. En 1954, C.K. Brain comenzó a trabajar en yacimientos de la Cuna, incluida la cueva de Cooper. A continuación, inició su trabajo de tres décadas en la cueva de Swartkrans, que dio lugar a la recuperación de la segunda mayor muestra de restos de homínidos de la Cuna. En Swartkrans también se descubrió el uso controlado más antiguo del fuego por parte del Homo erectus, que se fechó hace más de un millón de años.
En 1966, Phillip Tobias comenzó sus excavaciones en Sterkfontein, que aún continúan y son las más largas del mundo en cuanto a fósiles. En 1991, Lee Berger, de la Universidad de Witwatersrand, descubrió los primeros especímenes de homínidos en el yacimiento de Gladysvale, convirtiéndolo en el primer yacimiento de homínidos primitivos descubierto en Sudáfrica en 48 años. En 1994, Andre Keyser descubrió homínidos fósiles en el yacimiento de Drimolen. En 1997, Kevin Kuykendall y Colin Menter, de la Universidad de Witwatersrand, encontraron dos dientes fósiles de homínidos en el yacimiento de Gondolin. También en 1997, Ron Clarke descubrió el esqueleto casi completo de Australopithecus de «Little Foot», que data de hace unos 3,3 millones de años (aunque las dataciones más recientes sugieren que está más cerca de los 2,5 millones de años). En 2001, Steve Churchill, de la Universidad de Duke, y Lee Berger encontraron restos humanos de la era moderna en el lago Plovers. También en 2001, se descubrieron in situ en Coopers los primeros fósiles de homínidos y herramientas de piedra. En 2008, Lee Berger descubrió en el yacimiento fósil de Malapa los restos parciales de dos homínidos (Australopithecus sediba) que vivieron hace entre 1,78 y 1,95 millones de años.
En octubre de 2013, Berger encargó al geólogo Pedro Boshoff que investigara sistemas de cuevas en la Cuna de la Humanidad con el propósito expreso de descubrir más yacimientos de homínidos fósiles. Los espeleólogos Rick Hunter y Steven Tucker descubrieron fósiles de homínidos en una zona hasta entonces inexplorada del sistema de cuevas Rising Star/Westminster a la que se asignó la designación de sitio UW-101. En noviembre de 2013, Berger dirigió una expedición conjunta de la Universidad de Witwatersrand y la National Geographic Society al sistema de cuevas Rising Star, cerca de Swartkrans. En solo tres semanas de excavación, el equipo internacional de seis científicas avanzadas en espeleología (K. Lindsay Eaves, Marina Elliott, Elen Feuerriegel, Alia Gurtov, Hannah Morris y Becca Peixotto), elegidas por sus habilidades paleoantropológicas y de espeleología, así como por su pequeño tamaño, recuperó más de 1.200 especímenes de una especie de homínido fósil actualmente no identificada. El yacimiento aún está en proceso de datación. En septiembre de 2015, Berger, en colaboración con National Geographic, anunció el descubrimiento de una nueva especie de pariente humano, denominada Homo naledi, procedente del UW-101. Lo más notable es que, además de arrojar luz sobre los orígenes y la diversidad de nuestro género, H. naledi también parece haber depositado intencionadamente los cuerpos de sus muertos en una cámara de una cueva remota, un comportamiento que antes se creía limitado a los humanos. En los últimos días de la expedición Rising Star, los espeleólogos Rick Hunter y Steven Tucker descubrieron más material fósil de homínidos en otra parte del sistema de cuevas. Las excavaciones preliminares en este yacimiento, designado UW-102, han comenzado y han aportado material fósil completo de homínidos. Se desconoce cuál es la relación entre los yacimientos 101 y 102.