La participación militar debía comenzar en octubre de 1932. La «guerra» se llevó a cabo bajo el mando del Mayor G. P. W. Meredith de la Séptima Batería Pesada de la Real Artillería Australiana, con Meredith al mando de los soldados S. McMurray y el Artillero J. O’Halloran, armados con dos cañones Lewis y 10.000 cartuchos. Sin embargo, la operación se retrasó por un periodo de lluvias que hizo que los emús se dispersaran por una zona más amplia. La lluvia cesó el 2 de noviembre de 1932, momento en el que las tropas fueron desplegadas con órdenes de ayudar a los agricultores y, según el relato de un periódico, de recoger 100 pieles de emú para que sus plumas pudieran ser utilizadas para fabricar sombreros para los jinetes ligeros.
Primer intento
El 2 de noviembre los hombres viajaron a Campion, donde se avistaron unos 50 emús. Como las aves estaban fuera del alcance de los cañones, los colonos locales intentaron arrear a los emús para tenderles una emboscada, pero las aves se dividieron en pequeños grupos y huyeron, por lo que era difícil apuntarles. No obstante, si bien la primera descarga de las ametralladoras fue ineficaz debido al alcance, una segunda ronda de disparos pudo matar a «un número» de aves. Más tarde, ese mismo día, se encontró una pequeña bandada, y «tal vez una docena» de pájaros fueron asesinados.
El siguiente evento significativo fue el 4 de noviembre. Meredith había establecido una emboscada cerca de una presa local, y más de 1.000 emús fueron vistos dirigiéndose hacia su posición. Esta vez los artilleros esperaron a que las aves estuvieran cerca antes de abrir fuego. El arma se atascó después de matar sólo a doce aves y el resto se dispersó antes de poder disparar. No se avistaron más aves ese día.
En los días siguientes, Meredith optó por desplazarse más al sur, donde las aves «parecían bastante mansas», pero el éxito fue limitado a pesar de sus esfuerzos. Al cuarto día de la campaña, los observadores del ejército observaron que «cada manada parece tener ahora su propio líder, un gran pájaro de plumaje negro que mide dos metros de altura y vigila mientras sus compañeros llevan a cabo su trabajo de destrucción y les advierte de nuestra aproximación». En un momento dado, Meredith llegó a montar uno de los cañones en un camión, una medida que resultó ineficaz, ya que el camión era incapaz de acercarse a los pájaros, y el viaje era tan accidentado que el artillero no pudo efectuar ningún disparo. El 8 de noviembre, seis días después del primer combate, se habían disparado 2.500 cartuchos. El número de pájaros muertos es incierto: un relato estima que fueron 50 pájaros, pero otros relatos oscilan entre 200 y 500, esta última cifra proporcionada por los colonos. El informe oficial de Meredith señalaba que sus hombres no habían sufrido bajas.
Resumiendo los sacrificios, el ornitólogo Dominic Serventy comentó:
Los sueños de los ametralladores de disparar a quemarropa sobre masas serradas de Emus se disiparon pronto. El mando de los emúes había ordenado evidentemente tácticas de guerrilla, y su anquilosado ejército pronto se dividió en innumerables unidades pequeñas que hacían antieconómico el uso del equipo militar. Por lo tanto, una fuerza de campo cabizbaja se retiró de la zona de combate después de aproximadamente un mes.
El 8 de noviembre, los miembros de la Cámara de Representantes australiana debatieron la operación. Tras la cobertura negativa de los hechos en los medios de comunicación locales, que incluía afirmaciones de que «sólo unos pocos» emús habían muerto, Pearce retiró al personal militar y las armas el 8 de noviembre.
Después de la retirada, el mayor Meredith comparó a los emús con los zulúes y comentó la sorprendente maniobrabilidad de los emús, incluso cuando estaban malheridos.
Si tuviéramos una división militar con la capacidad de carga de balas de estas aves se enfrentaría a cualquier ejército del mundo… Pueden enfrentarse a ametralladoras con la invulnerabilidad de los tanques. Son como los zulúes a los que ni siquiera las balas dum-dum podrían detener.
Segundo intento
Tras la retirada de los militares, los ataques de los emúes a los cultivos continuaron. Los agricultores volvieron a pedir apoyo, alegando el clima caluroso y la sequía que hizo que los emús invadieran las granjas por miles. James Mitchell, primer ministro de Australia Occidental, apoyó firmemente la renovación de la ayuda militar. Al mismo tiempo, se emitió un informe del Comandante de la Base que indicaba que se habían matado 300 emús en la operación inicial.
Actuando sobre las peticiones y el informe del Comandante de la Base, el 12 de noviembre el Ministro de Defensa aprobó la reanudación de los esfuerzos militares. Defendió la decisión en el Senado, explicando por qué los soldados eran necesarios para combatir la grave amenaza agrícola de la gran población de emúes. Aunque los militares habían accedido a prestar las armas al gobierno de Australia Occidental con la expectativa de que proporcionaran el personal necesario, Meredith fue colocado de nuevo en el campo debido a la aparente falta de ametralladores experimentados en el estado.
Al salir al campo el 13 de noviembre de 1932, los militares encontraron un grado de éxito durante los dos primeros días, con aproximadamente 40 emús muertos. El tercer día, el 15 de noviembre, resultó ser mucho menos exitoso, pero para el 2 de diciembre los soldados estaban matando aproximadamente 100 emús por semana. Meredith fue llamado a filas el 10 de diciembre, y en su informe declaró 986 muertes con 9.860 disparos, a un ritmo de exactamente 10 disparos por muerte confirmada. Además, Meredith afirmó que 2.500 aves heridas habían muerto como consecuencia de las lesiones que habían sufrido. Al evaluar el éxito del sacrificio, un artículo publicado en el Coolgardie Miner el 23 de agosto de 1935 informaba de que, aunque el uso de ametralladoras había sido «criticado en muchos sectores, el método resultó eficaz y salvó lo que quedaba del trigo».